Home » Genetica (Pagina 2)
Categorie archieven: Genetica
De energiecentrale van de cel: ATP-synthase – Een voorbeeld van Intelligent Design
In onze cellen gebeuren wonderlijke dingen. We zien Meesterwerken van micro-engineering. Bijvoorbeeld ATP-synthase, een moleculaire machine die in veel organismen wordt aangetroffen. Het levert de energie voor andere moleculaire machines in de cel. De energiecentrale van de cel. Discovery Institute heeft hier een mooie animatie van gemaakt. Wanneer u de Engelse taal niet machtig bent dan kunt u de Nederlandse ondertiteling aanzetten. Verwonder u over het intelligente ontwerp van onze Schepper!
Creaton en Wort und Wissen organiseren op 25 november 2023 D.V. congres over ‘De Grote Vragen’
Vandaag over precies een maand, 25 november 2023 D.V., organiseert Creaton in samenwerking met Wort und Wissen een scheppingscongres. Fundamentum beveelt dit congres van harte aan bij docenten, studenten en overig geïnteresseerden. In Nederland hebben creationisten elkaar hard nodig. Het motto van Fundamentum is ‘Samenwerken waar kan, distantie waar moet’. Zo blijft enerzijds de eenheid behouden en anderzijds wordt de verscheidenheid zichtbaar. Aanmelden voor het congres kan via de hoofdpagina van de website van stichting Creaton. Let op: De locatie betreft het Driestar College, niet te verwarren met Driestar Educatief/Hogeschool De Driestar dat er vlakbij in de buurt ligt.
Op 25 november organiseren stichting Creaton en de Duitse organisatie Wort und Wissen een studiedag over het thema “De grote vragen” op het Driestar College in Gouda.
Grote vragen zijn weer actueel. Zo heeft de Volkskrant sinds 2022 zich gestort op “de grote vragen”. Wat gaat er om in het hoofd van een baby? Wat was er voor de oerknal? Bestaat God? Kunnen we de veroudering stoppen? Al zijn er geen antwoorden, de zoektocht naar een antwoord is al interessant genoeg volgens de Volkskrant. Inmiddels gaat de serie een tweede seizoen in en blijft de NRC niet achter en “zoekt de grenzen op”. Grenzen aan de menselijke leeftijd, grenzen in de wiskunde, grenzen van waarneming in de ruimtetijd, volgens de NRC is de meest fascinerende wetenschap te vinden bij de uitersten. Grote vragen in de wetenschap zijn doorgaans moeilijk te beantwoorden. Vaak worden de grenzen van de wetenschap overschreden bij gebrek aan waarnemingen. Waar eindigt wetenschap en worden aannamen een geloof?
Op het congres “De grote vragen” buigen we ons over een viertal vragen:
- Is de Bijbel historisch betrouwbaar?
- Welke boodschap heeft het heelal?
- Verklaart natuurlijke selectie de genetische informatie?
- Is het heden de sleutel tot het verleden?
Het congres is met name gericht op docenten die in het middelbaar of universitair onderwijs werkzaam zijn. Maar het is ook toegankelijk voor mensen die zich door hun interesse meer in het onderwerp willen verdiepen.
Klik voor deelname aan het congres deze link. Voor scholieren en studenten geldt een gereduceerd tarief.
PROGRAMMA
10.00 uur Welkom en opening congres
10.15 uur Dr. Peter Korevaar
Het universum, Gods verbazingwekkende schepping.
Dr. Peter Korevaar neemt ons mee op een reis door de kosmos, die begint bij de zon en ons voert tot aan de uiterste grenzen van het heelal. Daarna keren we terug naar de aarde en verbazen ons over de fijnafstemming van onze thuisplaneet. Tenslotte bezinnen we ons erop, wat het betekent, dat God de Schepper van Hemel en Aarde is.
Over dr. Peter Korevaar
Dr. Peter Korevaar studeerde natuur- en sterrenkunde in Utrecht en promoveerde in Utrecht in 1989. Daarna verhuisde hij naar Duitsland en woont nu in de buurt van Heidelberg. Peter is actief bij de Duitse organisatie Wort und Wissen en houdt voordrachten in het binnen- en buitenland over sterrenkundige en natuurkundige thema’s.
11.15 uur Dr. Peter van der Veen
Hebben de aartsvaders wel bestaan: een zoektocht naar de oorsprong van het Oude Israël
Het eerste boek van de Bijbel vertelt ons over de oorsprong en de omzwervingen van Israëls voorouders in Mesopotamië, Kanaän en Egypte. In de laatste hoofdstukken van Genesis wordt aartsvader Jozef tot onderkoning in het Nijldal gekroond, kort voordat een dreigende hongersnood het gebied trof. Toch geloven tegenwoordig maar weinig wetenschappers dat deze Bijbelse verhalen echt gebeurd zijn. Van der Veen heeft uitgebreid onderzoek gedaan naar de historische en archeologische gegevens en zijn resultaten gepubliceerd in twee wetenschappelijke boeken. In zijn lezing zal Peter van der Veen de resultaten van zijn onderzoek samenvatten en aantonen dat de archeologie, de klimatologie en de sociaal-politieke omstandigheden opmerkelijk goed passen bij het Bijbelse verhaal.
Over dr. Peter van der Veen
Dr. Peter van der Veen is wetenschappelijk medewerker bij Wort und Wissen. In 1989 voltooide hij zijn theologische studies aan de protestantse theologische faculteit in Leuven (België) met een scriptie over de overeenkomsten tussen de Amarna-brieven en het boek Samuël. In 2005 promoveerde hij aan de Universiteit van Bristol (Engeland) op de chronologische betekenis van de lokale officiële zegels uit Israël en Jordanië aan het einde van het Judese koninkrijk. Het onderzoek van Peter van der Veen richt zich op de chronologische vragen die gesteld worden over oudtestamentische gegevens in relatie tot de archeologische tijdtabel en het onderzoek van oude teksten op zegels en kleitabletten.
12.15 uur Lunchpauze
13.00 uur Dr. Peter Borger
Is natuurlijke selectie het principe achter de Schepping of een surrogaat voor God?
Natuurlijke selectie is nog steeds het enige mechanisme dat de moderne evolutiebiologie heeft om op naturalistische wijze de informatietoename voor het evolutieproces te verklaren. In de voordracht van Peter Borger wordt dit principe dat Darwin voorgesteld heeft voor het ontstaan van soorten onder de loep genomen. De biologische gegevens duiden erop dat natuurlijke selectie geen grote rol van betekenis meer speelt in de biologie, in het bijzonder waar het de genetische informatie in het genoom betreft.
Over dr. Peter Borger
Dr. Peter Borger is moleculair bioloog en expert in de genoombiologie. Hij werkte 25 jaar aan verschillende universiteiten, waaronder Sydney (Australië), Basel en Zürich (Zwitserland). Pieter Borger is auteur van het boek “Terug naar de Oorsprong” , waarin hij een kritische beschouwing geeft van de darwinistische evolutieleer en een nieuwe theorie voorstelt om variatie, aanpassing en soortvorming te verklaren. Momenteel werkt hij fulltime voor “Wort und Wissen“.
14.00 uur Drs. Tom Zoutewelle
Is het heden de sleutel tot het verleden?
De grondleggers van de geologie hebben ooit voorgesteld dat het heden de sleutel is tot het verleden. De afgelopen decennia is echter het catastrofisme weer algemeen geaccepteerd in de geologie . Niet langer wordt de geschiedenis van de Aarde exclusief verklaart met geologische processen zoals die vandaag de dag plaatsvinden. Opvallend genoeg is dit inzicht gegroeid mede door actuele waarnemingen. De snelheid van geologische processen als vulkanisme, gebergtevorming, erosie en sedimentatie laten zich moeilijk rijmen met de geologische tijdschaal. Tel daar nog bij op dat in de huidige klimaatcrisis alle records in rap tempo gebroken worden, dan lijkt de tijd rijp voor een herbezinning op de uitgangspunten van de geologie.
Over drs. Tom Zoutewelle
Drs. Tom Zoutewelle studeerde biologie en geologie aan de Universiteit Utrecht. Hij is gespecialiseerd in de paleontologie en sedimentologie. Tom Zoutewelle is werkzaam in het middelbaar en universitair onderwijs en is ook actief betrokken bij geologisch onderzoek. De afgelopen 40 jaar heeft hij in Nederland deelgenomen aan het publieke debat over de oorsprong en de geschiedenis van het leven op aarde.
15.00 uur Pauze
15.15 uur Discussie
16.00 uur Afsluiting congres
De vier bovengenoemde Nederlandstalige sprekers wonen momenteel bijna allemaal in Duitsland maar zijn al vaker te gast geweest in op congressen in Nederland. Dr. Korevaar en dr. Borger spraken op het congres ‘Bijbel & Wetenschap 2022’. Hun lezingen zijn resp. hier en hier te bekijken. Drs. Tom Zoutewelle sprak op het congres ‘Bijbel & Wetenschap 2021’. Zijn lezing is hier te bekijken. Dr. Van der Veen sprak op een, door Jan van Meerten georganiseerd, Logos-congres. Zijn lezing is hier te bekijken.
Dr. Winston Ewert publiceert paper over Dependency Graph Model – DGM als alternatief voor universele gemeenschappelijke afstamming toegepast op echolocatie vleermuizen en dolfijnen
Binnen de ‘Intelligent Design’-beweging wordt gewerkt aan diverse modellen als alternatief voor Universele Gemeenschappelijke Afstamming. Volgens dr. Winston Ewert zijn deze modellen tot dusver nog niet doorontwikkeld. Dr Ewert heeft in 2018 een nieuw model voorgesteld: Dependency Graph Model. Deze maand verscheen er een nieuwe paper in het tijdschrift vóór Intelligent Design, Bio-Complexity. In deze wetenschappelijke publicatie wordt het Dependency Graph Model verder uitgewerkt en ondersteund met voorbeelden.1
Hoe werkt het Dependency Graph Model van dr. Ewert? Je kunt het vergelijken met de werking van computerprogramma’s (software). “Volgens dit model delen verschillende levensvormen overeenkomsten, doordat ze gemeenschappelijke modules delen. Dit gebeurt op dezelfde manier als waarop verschillende softwareprogramma’s overeenkomsten en codes delen door gemeenschappelijke modules te hergebruiken. De modules die in een bepaald organisme of programma worden gebruikt, worden beperkt door een afhankelijkheidsgrafiek. In een afhankelijkheidsgrafiek zijn sommige modules op hun beurt weer afhankelijk van andere modules, zodat een module niet kan worden opgenomen zonder ook zijn afhankelijke modules op te nemen. (…) In het Dependency Graph Model worden taxonomische categorieën gedefinieerd door een module waarvan alle soorten in die categorie direct of via een tussenweg afhankelijk zijn.” Geen gemeenschappelijke afstamming, maar gedeelde afhankelijkheid of, als de modules verschillen, onafhankelijkheid.2 In Weet Magazine 54 (het decembernummer 2018) worden de gevolgen van de analyse van dr. Ewert als het volgt weergegeven: “Uit zijn analyse blijkt dat de overeenkomsten tussen soorten minstens zo goed verklaard kunnen worden door modulaire afhankelijkheid als door gemeenschappelijke afstamming.”3
De schrijver van het OnTopic-artikel in Weet Magazine moest nog zeggen dat dit onderzoek in de kinderschoenen staat, maar ondertussen is er begin deze maand opnieuw een paper verschenen van dr. Winston Ewert waarbij het Dependency Graph Model verder wordt uitgewerkt. Ze gebruikten hierbij de tool AminoGraph en pasten de theorie toe op het prestine-gen, een gen dat de stof prestine aanmaakt.4 Dit eiwit in de trilhaartjes van het slakkenhuis (cochlea) zorgt ervoor dat de oren gevoelig zijn voor hoge tonen. Bij dolfijnen en vleermuizen is dit eiwit onmisbaar bij het gebruik van echolocatie en ook goed met elkaar te vergelijken.5 De prestine-sequenties van sommige vleermuizen die werken met echolocatie vertonen overeenkomsten met prestine-sequentie van dolfijnen. In de naturalistische wetenschapsbeoefening wordt dit gezien als een convergentie, omdat zo de evolutionaire boom in stand blijft. Het Dependency Graph Model biedt echter een alternatieve verklaring. Het onderzoek van dr. Ewert wijst uit dat er twee prestine-modificerende modules zijn, die afzonderlijk of beiden aangetroffen worden in alle vleermuizen en walvissen die echolocatie gebruiken.6 Dr. Brian Miller, onderzoekcoördinator van het Discovery Institute, ziet dat het evolutionaire raamwerk geen afdoende verklaring kan bieden voor echolocatie. Hij is hoopvol als het gaat om het Dependency Graph Model van dr. Ewert. “It represents a valuable tool in the developing theory of biological design, which should eventually supplant phylogenetic analysis.”7
Voetnoten
Is evolutietheorie nog houdbaar? – Dr. Peter Borger in Café Weltschmerz
‘Is de evolutietheorie nog houdbaar?‘ Op 30 maart 2023 was moleculair bioloog dr. Peter Borger te gast bij ‘Café Weltschmerz‘. Hij sprak daar met Patrick Savalle over de houdbaarheid van de evolutietheorie. Waardevol om terug te kijken! Het gaat ook over hypothesen uit zijn boek ‘Terug naar de Oorsprong‘.1
Voetnoten
Altenoweb bespreekt artikelen over Rode Panda (Ailurus fulgens) van dr. Mátyás Cserháti
Onlangs publiceerde de van oorsprong Hongaarse wetenschapper dr. Mátyás Cserhati twee papers over de biosystematische indeling van de rode panda (Ailurus fulgens).1 Er ontspint zich een kleine discussie rond deze voorgestelde indeling. Evolutiebioloog dr. Gerdien de Jong reageerde via Panda’s Thumb op het artikel.2 Via onze website schreef dr. Mátyás Cserháti een weerwoord.3 Vandaag verscheen er op Altenoweb een reactie en weegging van de discussie door van een bioloog die schrijft onder de pseudoniem Alteno.4
De website Altenoweb wordt door mij gewaardeerd om de genuanceerde kijk op vooral biologische zaken en de uitgesproken voorkeur voor Intelligent Design. De auteur schiet niet direct in een dogmatisch-wetenschappelijke kramp, maar wil de zaken genuanceerd (voorzover dat gaat, natuurlijk) belichten. Daardoor is hij kritisch op de evolutietheorie, maar ook op stromingen die daar lijnrecht tegenover staan. Deze genuanceerd-kritische blik geldt ook voor de beoordeling van papers van dr. Cserháti.
Geen sluitend verhaal
Alteno beoordeelt in de eerste alinea of het gaat om een sluitend verhaal. Het valt Alteno op dat er geen hond (Canidae) meedoet in de clustering en dat de groep van de stinkdieren (Mephitidae) slechts vertegenwoordigd zijn door één soort. Alteno ziet de clustering als resultaat van een wiskundige bewerking, waarbij de onderzoeker de parameters kiest en moet beoordelen hoe reëel de cluster is. “Laat je het model kritischer onderscheiden, dan vind je meer clusters, laat je het model minder kritisch onderscheiden, dan vind je minder clusters.” De vraag is ‘welke verschillen weeg je hoe zwaar’. Dr. Cserháti heeft zich wel verantwoord hiervoor, ‘maar er moet ook een verantwoording zijn dat dit in dit geval adequaat is’.
Ontsporing
Volgens de bovengenoemde dr. De Jong ontspoort het artikel. “Volgens haar kan je uit de resultaten wel een grote mate van verwantschap afleiden, maar je kan nog niet uitsluiten dat deze verwantschap toch uit twee monofyletische zustergroepen bestaat.” Alteno vraagt zich af of dr. Cserháti ‘hier eigenwijs is ten opzichte van de statistiek’. Hij vindt ook het gebruik van het woord ‘significant’ vreemd en pleit voor het woord ‘groot’. Alteno: “Hoewel de Rode panda met zijn waarde erg laag zit, valt hij nog binnen de spreiding van het cluster, het verschil is niet te groot.” En: “Hoewel de Rode panda binnen het cluster erg aan de buitenkant ligt, vinden we dat gegeven – op zichzelf – niet doorslaggevend om een soort dan maar buiten het cluster te laten.” Daarom blijft de vraag van Alteno of ‘de clusters biologische realiteit weergeven’.
Mitochondriaal DNA
Alteno bestudeert nu het tweede punt van dr. De Jong over het mitochondriaal DNA van 52 (onder)soorten. Volgens Alteno laten de drie verschillende stambomen zien dat ‘de keuze van de methode de resultaten bepaalt’. Je moet daarom de ins en outs van de methodes goed kennen, dan kun je ‘een soort of een cluster vanuit verschillende perspectieven bekijken en kom je tot meer inzicht’. Het komt Alteno nu over als een rommeltje en het geeft hem het beeld ‘dat we nog behoorlijk in het duister tasten’. Dr. Cserháti is in zijn paper voorzichtig, maar Alteno zou hij een conclusie met possibly nooit trekken. Met dr. De Jong stelt Alteno de vraag ‘of dit wel (op deze manier) gepubliceerd had moeten worden’.
Reactie op antwoord van Cserháti
In het laatste stuk gaat Alteno nog in op het antwoord van dr. Cserháti aan dr. De Jong. Alteno mist in de beantwoording een reflectie op de software, bijvoorbeeld van de MEGA-X-software. “Het kan zijn dat de software alleen goede resultaten oplevert als een outgroup wordt ingevoerd. Wat de outgroup mijns inziens in elk geval bewerkt, is dat er voor de totale onderzochte groep een beperkte set gemeenschappelijke kenmerken wordt gecreëerd, die niet alleen evolutionair betekenis heeft, maar ook van belang is om verschillen en overeenkomsten binnen de groep tegen elkaar af te wegen.” Drs. Klink5 en dr. De Jong hadden ook commentaar op het ontbreken van een ‘outgroup’. Ik denk een terecht punt dat voorgelegd moet wordt aan dr. Cserháti. Alteno gaat nog verder over de ‘outgroup’: “Als je geen outgroup hebt, dan zal je op een andere manier die set moeten creëren, om te kunnen bepalen hoe de afzonderlijke soorten vanaf de gemeenschappelijke set divergeren. De vraag is dus mijns inziens in elk geval wat de software doet als er geen outgroup wordt ingevoerd.” Dat is te zien in de paper van dr. Cserháti. Mijn vraag zou zijn: wat doet de software als er wél een outgroup wordt ingevoerd. Alteno geeft aan dat de hele kwestie rond de rode panda er één is met ‘veel open eindjes’. Daar zal dr. Cserháti het ongetwijfeld mee eens zijn, hij roept immers in zijn CRSQ-paper op om mee te denken met de indeling van de rode panda. Dat dr. De Jong en Alteno hierin proberen mee te denken zie ik als winst.6
Voetnoten
Kritische weging evolutie ontbreekt
Dit artikel is geschreven door drs. Rafael Benjamin, dr. Willem Binnenveld, dr. Peter Borger, dr. Herman Bos, dr. Juri van Dam, dr. ir. Hans Degens, dr. ir. Wim de Jong, Jan van Meerten, drs. Ben Vogelaar en drs. Tom Zoutewelle.
In zijn synthese van de Bijbel en evolutie gaat prof. Gijsbert van den Brink voorbij aan de wetenschappelijke bezwaren die zijn in te brengen tegen de evolutietheorie, stellen Jan van Meerten en negen wetenschappers.
In zijn boek ”En de aarde bracht voort” gaat prof. dr. Gijsbert van den Brink ervan uit dat de theorie van universele gemeenschappelijke afstamming (dat alle levensvormen afstammen van één voorouder) waarschijnlijk juist is. Hij gaat hierbij voorbij aan veel problemen waarmee deze theorie te kampen heeft. We noemen acht voorbeelden. We zijn van mening dat het onverstandig is deze theorie als uitgangspunt te gebruiken voor de theologie.
1. Ontstaan van leven
Hoewel het ontstaan van het leven strikt genomen niet tot de evolutiebiologie behoort, moet het leven toch op de een of andere manier zijn ontstaan. Zelfs de meest primitieve levensvormen blijken zo complex opgebouwd en gecodeerd dat de kans op toevallig ontstaan verwaarloosbaar klein is. Ook de meest eenvoudige levensvormen moeten systemen hebben om zich tegen de buitenwereld te beschermen, energie te gebruiken, bouwstenen te maken, zichzelf te repareren, zich te vermenigvuldigen en informatie op te slaan. Deze zes verschillende systemen zijn onderling van elkaar afhankelijk en blijven los van elkaar niet in stand. Er worden steeds meer factoren ontdekt die het steeds onwaarschijnlijker maken dat leven spontaan is ontstaan.
2. Informatie
De grote hoeveelheid informatie in het erfelijk materiaal is een kenmerk van levende wezens. In de genetica gebruikt men dan ook termen die met informatietechnologie te maken hebben. Zelfs de meest eenvoudige levensvormen hebben een genetische code (DNA) bestaande uit enkele honderdduizenden baseparen. Er zijn geen mechanismen bekend die voor volledig nieuwe erfelijke informatie kunnen zorgen, zoals bijvoorbeeld nodig is voor het ontstaan van leven of van nieuwe levensvormen. De complexiteit van de eenvoudigst denkbare genetische codes maakt het ontstaan ervan door toevalsprocessen onmogelijk. Werner Gitt, emeritus hoogleraar informatiekunde, stelt dan ook dat informatie alleen van een intelligente bron afkomstig kan zijn. De grote hoeveelheid informatie in het DNA is wellicht het meest steekhoudende argument voor ontwerp en tegen macro-evolutie.
3. Weesgenen
Weesgenen zijn genen die we alleen in één soort of een kleine groep soorten aantreffen. Verschillende groepen organismen hebben verschillende weesgenen. Het betreft unieke functionele DNA-informatie waarvoor geen evolutionaire voorgeschiedenis bedacht kan worden. Deze genen bevatten dus informatie die de scheidslijn bepaalt tussen soortgroepen, als afzonderlijke scheppingen.
4. Weinig verandering
In lagen waarvan wordt verondersteld dat ze 425 miljoen jaar oud zijn, is DNA aangetroffen van bacteriën dat identiek is aan het DNA van nu levende bacteriën. In zogenaamd pakweg duizend miljard generaties zijn deze bacteriën niet noemenswaardig veranderd. Zeer langdurige laboratoriumexperimenten met organismen die zich snel voortplanten, bevestigen dat informatie niet toeneemt en dat er geen macro-evolutie optreedt.
5. Functieloos DNA
Lange tijd werd gedacht dat een groot deel van het DNA functieloos was, het zogenaamde ”junk-DNA”. Dit werd als een bewijs voor macro-evolutie gezien. Een uitgebreid onderzoeksproject, Encode, heeft echter aangetoond dat het merendeel van dit zogenaamde junk-DNA wel degelijk een functie heeft. In het deel van het genoom dat geen coderingen voor eiwitten bevat, worden steeds meer functies ontdekt. Verder blijken de genomen niet uit virusrestanten te bestaan, maar uit genetische elementen die het genoom en de vouwing van eiwitten nauwkeurig controleren, en ook invloed hebben op welk deel van het genoom al dan niet overgeschreven en vertaald moet worden naar eiwitten. Ook fungeren ze als verspringende schakelaars die snelle aanpassingen, aan bijvoorbeeld koude of droogte, mogelijk maken, juist omdat ze programmatuur (eiwit-coderende genen) aan- en uit kunnen schakelen, of zijn ze betrokken bij het driedimensionaal vouwen van DNA. Het grootste deel van het genoom heeft dus een functie. Dat sluit aan bij de gedachte van een intelligent ontwerp.
6. Pseudogenen
Pseudogenen zijn genen die kapot zijn. Dat wordt veroorzaakt door mutaties. Die zijn prima te verklaren met een degeneratiemodel. Als prof. Van den Brink aangeeft dat het voor hem een bewijs van gemeenschappelijke afstamming is dat mensen een kapot gen voor het maken van vitamine C hebben, negeert hij de voor de hand liggende optie dat Adam en Eva oorspronkelijk een intact gen hadden, maar dat dit nadien kapot is gegaan.
7. Reparatiesystemen
Binnen de evolutietheorie wordt gedacht dat mutaties van het DNA de motor kunnen zijn voor verbetering en innovatie. Een dergelijke motor is echter schadelijk. Mutaties van het DNA van lichaamscellen veroorzaken tumoren en in de geslachtslijn leiden ze tot erfelijke ziekten en ernstig selectief nadeel. Gelukkig worden de duizenden mutaties die dagelijks optreden in het DNA van elke cel voortdurend gerepareerd door mutatiereparatiesystemen. Zulke reparatiesystemen kunnen niet tot stand zijn gekomen via mutaties.
8. De uitzonderlijke mens
Voor evolutionisten is de overeenkomst tussen mens en chimpansee een argument voor universele gemeenschappelijke afstamming. Als we echter op de verschillen letten, dan bestaat er een grote kloof tussen aap en mens. Dan bedoelen we niet alleen anatomische of genetische verschillen. De mens is drager van Gods beeld, heeft een ziel en daarnaast een uniek spraak- en denkvermogen, een creatief scheppend vermogen, religieus besef, een gevoel voor en een waardering van schoonheid en moreel besef van goed en kwaad. Deze lijst is met honderden voorbeelden uit te breiden. Hoe kunnen die door evolutionaire processen zijn ontstaan?
Ten slotte, in zijn boek zoekt prof. Van den Brink naar consonantie tussen evolutie en orthodoxie. Hij doet dat op diepgravende wijze. Maar de redenen waardoor hij de evolutietheorie als waarschijnlijke ontstaanshistorie beschouwt, zijn uiterst pover; in zijn beschrijving van het creationistisch gedachtegoed is hij vooringenomen, terwijl een kritische noot met betrekking tot het wetenschappelijk gehalte van de evolutietheorie ontbreekt.
Dit artikel is met toestemming van de hoofdauteur overgenomen uit het Reformatorisch Dagblad. De volledige bronvermelding luidt: Meerten, J.W. van, Benjamin, R., Binnenveld, W., Borger, P., Bos, H., Dam, J. van, Degens, H., Jong, W.M. de, Vogelaar, B.N., Zoutwelle, A., 2017, Kritische weging evolutie ontbreekt, Reformatorisch Dagblad Puntkomma 47 (91): 8-9 (artikel).
Evolutionists on Panda’s Thumb Attack Well-Respected Science Journal
In April 2021 my paper describing the genomic characterization and taxonomic placement of the red panda (Ailurus fulgens) was published in the scientific journal BMC Genomics after almost a year of review. The red panda is a unique animal, hard to classify based on its morphological characteristics. Some have classified it as a cat, some as a relative of small carnivorous animals, such as minks or weasels, yet others claim that it is a relative of the giant panda, Ailuropoda melanoleuca. Similar to the duck-billed platypus, biologists do not know where to put this animal, all the while thumbing its nose at them. Molecular characterization of this species based on small sets of genes also did not fare any better, and evolutionists contradicted one another again in further attempts to classify this animal.
It is for this reason that I employed a whole genome sequence analysis algorithm that I had developed previously analyzing three groups of insects (Anopheles, Glossina, and Drosophila)1 on 28 species of carnivores (bears, cats, martens, and one species of skunk). I did this as opposed to previous studies which looked at only handfuls of mitochondrial and/or nuclear genes. My reasoning was that if we look at the whole genome, we can get a broader picture of the genetic relatedness between species. Looks can be misleading, and since genes define physical appearance, I sought to study genomic data as opposed to morphology. To illustrate the fact that evolutionists themselves cannot make heads or furry red tails of where to place the red panda, see Table 1 below to see how various evolutionist researchers tried to classify this mysterious animal.
| Researcher(s) | Analysis | Conclusion |
| Peng et al.2 | 13 mitochondrial genes | Either mustelid or mephitid |
| Fulton and Strobeck3 | 3 nuclear and 3 mitochondrial genes | Related to Mephitis mephitis |
| Yu and Zhang4 | Introns 4 and 7 of nuclear FGB gene, ND2 mitochondrial gene | Sister to procyonids |
| Sato et al.5 | 5.5 Kbp segment containing 5 nuclear genes | Closer to mustelids or procyonids |
Table 1: Attempts by several evolutionist researchers to classify the red panda based on molecular characteristics and their conflicting results.
Perhaps this is why Panda’s Thumb took interest in my article since this animal is alleged by some to be a relative of the namesake of their website. After the paper had been published in BMC Genomics6, I adapted the results for a molecular baraminology paper, which was accepted in Creation Research Society Quarterly (CRSQ) in the fall of 20217. This meant that the secular paper had been public for over a year and a half, while the creation science paper had been available online for about a year.
Baraminology is the study of the Biblical kinds, described in Genesis 1. A kind, or using a more technical term, a ‘baramin’ is a reproductive community of organisms. Kind breeds with kind, but not with other organisms outside the kind. Humans breed only with humans, and not with chimpanzees. Horses and dogs can be bred to bring new varieties, but dogs will never interbreed with horses. An apobaramin is a group of baramins (i.e. birds, bats), whereas a monobaramin is a subset of a holobaramin (i.e. Caucasians).
Apparently, one Dr. Gerdien de Jong, an associate professor of biology at the University of Utrecht in the Netherlands, now retired, found both of my papers after a full year and wrote a critique of my work on the Panda’s Thumb titled “A tale of two papers” on December 2, 2022.8 She attacks several points in my two papers. However, she doesn’t hold back from attacking her fellow evolutionists on the editorial board of BMC Genomics, a well-respected science journal: “how did a paper as bad as this ever get through review and published?”
In the following, let us examine her approach and her criticism of my paper and whether they are well-founded, or not.
Religious bias
Note, that my BMC Genomics paper underwent several rounds of review for about a year, so the review process was thorough. Therefore, the title of my response article is “Evolutionists on Panda’s Thumb Attack Well-Respected Science Journal” just to poke some fun at my opponents.
It is remarkable that when a creation scientist writes a paper dealing with origins and it is successfully published in a secular paper, it is deemed science, and no one has any problem with it. However, once it is discovered that the same work is reinterpreted to fit the creationist framework, it is then automatically rejected as unscientific. This clearly demonstrates the religious motivation of De Jong and other evolutionists when looking at the scientific evidence and reasoning presented in my papers. Had the parallel paper not been published in CRSQ, the secular version of the paper and the folks at BMC Genomics would never have been criticized.
Interestingly, De Jong actually emailed me on December 10, 2022, eight days after her criticism of my papers went online at the Panda’s Thumb website, asking for the supplementary material of my CRSQ paper for which there was a link in my paper. She hadn’t even fully read both of my papers, yet went ahead anyway to critique them! What is this if not a foregone conclusion on her part!? De Jong obviously cannot handle the fact that other evolutionists, such as the editorial board at BMC Genomics put their stamp of approval on my work, and are now trying to level post-hoc accusations at my work, desperately trying to pick holes in it.
Evolution is not science. It is neither observable, repeatable, nor is it testable. These are all basic characteristics of science. That is why when evolutionists like De Jong find that the scientific research that has been accepted by the evolutionary biologists who took a year to review my paper can be reinterpreted to fit the creation model, they are now up in arms and trying to tear down my work. This is not the first instance of such religious bias on the part of evolutionists. When our bioinformatics research group at the University of Nebraska-Lincoln (UNL) tried to publish its work in the journal Genome Research, the journal rejected it because one of the reviewers had searched for my name on the Internet and had found out that I was a creationist. This was because a church in town had posted my presentation critical of evolution on their website. Despite the fact that the material in our paper never dealt with anything about origins. The bias on the part of evolutionists is simply that blatant.
What is science? Is baraminology science? Is evolution science?
In the blog post on the Panda’s Thumb, the regular arguments against baraminology were rehashed, yet again. However, we can know for sure that baraminology is science, whereas evolutionary theory is not. How so? Creation science studies the handiwork of God, not God’s creating hand. As a discipline within creation science, baraminology deals with species relationships that we can see. For example, members of the cat kind can visibly breed with one another. Lions can mate with tigers, pumas with leopards, to form hybrid species. However, cats cannot breed with dogs, or with bears. Baraminologists recognize and accept the clear differences between kinds, to be so great that they cannot be explained away by random mutations.
Evolutionists have a supremely difficult task since they have to explain every single biological transition between all organismal groups. If they fail one single time, then their evolutionary tree falls apart into two unbridgeable, unrelated groups. I don’t envy them!
In other words, imagine that the evolutionary tree is one large, large holobaramin, with everything in it, from bacteria to bees to birch trees and baboons. Should we break down this holobaramin into two groups with an unbridgeable gap between them, we would have some organisms (roughly half of the entire tree) that couldn’t have evolved from anything. Evolution is that flimsy. If there is a single break in the evolutionary tree, the whole theory falls apart.
Baraminologists simply take organisms at face value and recognize that there are distinct groups of species within nature that are separated from all other groups. We simply let the chips fall where they may. This is science.
Interestingly, Carl Linnaeus (1710 – 1778), “the father of modern taxonomy” believed in special creation; he lived before Darwin’s theory was formulated almost a hundred years later. Science, including the study of taxonomy, did not begin with Darwin.
On the other hand, since evolutionists believe that nature is everything, and there is no God, then all species must be interrelated, because all life evolved from non-life without any external intervention. Evolutionists are thereby forced not only to presuppose that all organisms are related to one another in the chain of evolution, but also that organisms evolved in the distant, unobservable past. This is not science.
While it is true that the exact, precise boundary of the kind is not clear, this does not discredit baraminology. Why? Neither is the definition of what a species is any clearer. Dozens of scientists have defined what a species is based on different biological aspects, such as morphology, proteomics, genetics, or ecology. Taxonomy is a science that is in constant flux. The taxonomy of fungi, for example, changes annually. Species get split up, lumped together, and reclassified on a regular basis. Evolutionists such as De Jong should first pull the beam out of their own eyes before attempting to remove the speck of dust in the baraminologists’ eyes!
So what really is the red panda?
All this being said, let us now turn to the issues that De Jong raised in her blog post criticizing my work. These critical points will be discussed one by one:
1. The red panda and the marten family (Mustelidae) are sister groups. Ailurus fulgens is not a member of Mustelidae.
“The clustering can be regarded as evidence that the red panda and the marten family are monophyletic sister groups, but not that the red panda belongs to the marten family. The red panda has a lower mean correlation with the marten species than the mean correlation of the marten species amongst each other, showing a clear distance between panda and martens. This difference is significant (P < 1.4 x 10-6) but Cserhati writes ‘This difference is not too significant’, and he decides to ignore it. In his heat map of the correlation matrix the difference between red panda and marten species is clearly visible: left figure on top, lighter is higher correlation, and the red panda gives the top right ‘Finnish flag’ pattern.”
There are several things that should be mentioned here.9 First of all, De Jong is overplaying the distance between the red panda and the martens. It is true that the red panda has a mean correlation value of 0.89 with the mustelids, whereas the mean correlation among mustelids is 0.95±0.04. However, we have to realize that the red panda is an isolated species (it lives in the Himalayas), and thus may have diverged from all of the other mustelids, should it indeed be a mustelid. The 0.89 correlation value of the red panda is within two z-scores of the mean correlation of mustelids. Therefore, even though it is an outlier, it is not an extreme outlier.
Interestingly, De Jong either did not read the entire BMC Genomics paper, or she chose to ignore the correlation results for the black-footed cat (Felis nigripes). This species also shows a “Finnish-flag” type pattern in the lower left of figure 1 of my BMC Genomics paper (see Figure 4). The black-footed cat is a well-known, undisputed member of the family Felidae, yet, as I show in my paper, the mean correlation value of this species is also 0.89 compared to the other cats, yet the mean correlation of cats among themselves is 0.97±0.03, an even larger difference when comparing the red panda with martens, even falling outside the two z-score range. Thus, it follows that if the black-footed cat unequivocally falls within the cat family, despite larger correlation differences, it is still possible that the red panda could be a member of the marten family.
Here we have a contradiction between some statistical measurements (correlation values and a p-value), and biological reality. Note that whereas p-values may be useful in assisting scientists in making inferences, they are only guidelines, and when biological reality says otherwise, we must choose biology over statistics. Thus the p-value of 1.4 x 10^-6 does not necessarily indicate that the red panda is not a marten.
2. In the mtDNA study there is no outgroup, why was one not included?
Many phylogenetic and also baraminology studies include either outgroup species or groups to compare the group under study to a species or group of species that are known to be unrelated to the group under study. However, in this case, since, as even De Jong asserts that the groups that I used (bears, cats, and martens) follow the “traditional classification” (both according to evolution as well as creation), the use of an outgroup may be superfluous. De Jong wishes to impose her evolutionary view of classification on the species examined in this study, looking for an outlier species more basal or primitive than the species in the study. However, in baraminology, the game is played differently. I chose those groups (bears, cats, raccoons, martens, skunks) because these were the groups that most researchers claimed they were the closest to the red panda. This meant that I was trying to classify the red panda as either of these baramins, or possibly classify the red panda into its own baramin. In a sense, these various groups could be viewed as outgroups of one another.
Classifying a species into its own baramin is not without precedent. In a previous work of mine, I classified the tuatara (Sphenodon punctatus), a unique species of reptile into its own baramin10. The same might be the case here as well, there is nothing that says otherwise. In creation science, we hold to our theories loosely but we hold to Scripture tightly. The evolutionists at Panda’s Thumb also pointed out the fact that Lightner11 puts the red panda into its own baramin. However, she did not include an analysis of any mitochondrial or nuclear sequences, thus even though I respect Lightner’s work, I would rather rely on my own more detailed analysis.
3. The discordance between the mitochondrial DNA results and the genome shows that baraminology is useless.
If that is so, then all previous evolutionary attempts to classify the red panda based on molecular evidence are also worthless. These were listed in the Introduction in Table 1. These conflicting results stem from evolutionists’ usage of small gene sets to compare the red panda genome to other carnivores. It is precisely for this reason that I used the Whole Genome K-mer Signature algorithm, which compares the distribution of short k-mers between species. These k-mers are short stretches of DNA k bases long, where in my study k was set to 8 to study octamers. This is very much akin to measuring the similarity of the vocabulary of literary works. Works on architecture use different vocabulary words compared to books on fishing, which are also different from books on baking or astronomy. These literary genres correspond to the created kinds of Genesis.
Figure 2 (see figure 5 below in this article) in the BMC Genomics paper showing the result of my mitochondrial DNA analysis shows that the red panda indeed may belong to its own clade/kind. However, the mitochondrial DNA is less than a hundredth of a percent of the size of the whole genome. Not to mention basing trees on single genes, such as my analysis of cytochrome-b in the CRSQ version of the study. While it may be useful for preliminary results, analyzing the whole genome is a much more holistic approach, allowing more solid conclusions to be drawn.
Evolutionists themselves well know that phylogenies that are drawn up on the multiple alignments of individual genes often contradict one another. That is why some phylogenetic studies involve concatenating several gene sequences together to balance out these differences. My study just took this approach a step further and analyzed the whole genome sequence.
Some people (such as some of the commenters at the Panda’s Thumb) may question using a k-mer approach to analyzing DNA sequences, but this was already covered in my BMC Genomics paper. Apparently, my opponents had done a messy job reading my paper and skimmed over this. Aligning whole genome sequences with one another is a possibility, but it is not yet feasible. If short 75–200 bp Next-Generation Sequencing reads can be used to classify organisms, such as in the kraken algorithm, then why not the whole genome? The whole genome represents a much larger search space in which to measure the distribution of short signal k-mer sequences. My algorithm has also been used by other researchers in their work, such as Vanaja and Yella.12 Furthermore, other k-mer-based algorithms, such as kraken13, the Naïve Bayes Classifier (NBC)14, and PhymmBL.15
4. Baraminology is a fictional construct, and there is nothing real behind it.
According to De Jong, “Baraminology has as yet just reproduced evolutionary taxonomy: therefore, it is a waste of time. The idea that statistical clusters represent groups that are separated biologically is just a superstition.” [slightly edited for better reading]. Furthermore, “The clusters found highly depend on the input, and that is why no baraminological method represents biology.”
This is nothing of the kind, pun most definitely intended. Baraminology does not reproduce evolutionary taxonomy, I do understand where De Jong is getting this idea from. Of course, within an individual baramin species are related to one another (for example, all humans are interrelated). That is because Genesis 1:11, 12, 21, 24, and 25 declare that kinds form reproductive communities. There is continuity within a kind. But that is where relatedness all stops.
As mentioned earlier, baraminology takes observable species relationships at face value and lets the chips fall where they may, baraminologists do not religiously superimpose an evolutionary narrative that forces all kinds to be interrelated with one another when they clearly aren’t. That is why the evolutionary tree fails, and the only question is how to properly classify organisms into different kinds. Biology is messy, and mutations have accumulated ever since the Fall, so this may make things difficult. Nobody ever said science is easy, and we may need to go around several times to get the proper classification of a given species into its corresponding baramin.
De Jong references one of my previous works analyzing statistical baraminology methods16 where the BDIST algorithm (an online software that runs morphology-based baraminology analysis) was shown to find several baramins within several species of dogs. This is understandable and an artifact of using the method. Setting the taxonomic level of a baraminology analysis too low will produce meaningless results.
In one of my previous works on baraminology, we analyzed mitochondrial DNA data in humans, cats, dogs, horses, and bats, and found that dogs are a separate baramin compared to all of these other groups17.
This is why baraminologists sometimes apply a process called successive approximation. This involves a simultaneous bottom-up and top-down approach to analyzing the data. The baraminologist may try first to start with a group, which is likely to be comprised of multiple baramins (the apobaramin), such as bats, turtles, or birds. The baraminologist then drills down, trying to find individual baramins within this group. Secondly, the baraminologist may also start out from individual species or very small groups (called monobaramins), and cluster them together to find holobaramins. Where the two procedures meet is very likely to be the holobaramin. See figure 6 below:
In general, when analyzing a set of species, a high degree of similarity is to be expected (be it morphological similarity, genetic relatedness or correlation values, etc.) when we are examining species from within the same baramin. However, when we compare two species from two separate baramins, there is a sharp drop in the level of similarity. This is the external surface of the holobaramin, the point where the expanding monobaramin meets the shrinking apobaramin. At this point, we should measure discontinuity between separate holobaramins. In my molecular baraminology work, this can be summed up by a statistical measure called the p-value. This measures whether within-baramin similarity values and between-baramin similarity values are statistically significant.
The fact that clustering highly depends on the input is understood. This is true for both baraminology methods and also evolution-based phylogenetic methods. For example, when constructing phylogenetic trees for different families of cell cycle genes in rice we had to build the phylogenetic tree based on a multiple alignment of proteins from a given protein family. We would then trim the ends off of the alignment in order to use the truncated part of the alignment that actually produced a strong phylogenetic signal18. Evolution in, evolution out.
Humans and chimpanzees share some traits. We have hair, fingernails, and a lengthy gestation period. This would put humans and chimpanzees into the same baramin. Humans and chimpanzees are much more complex than these three traits, and so that is why comparisons must be as holistic as possible.
Conclusion
Baraminology is science. Science did not start with Darwin and to exclude non-Darwinian models of origins is sheer arrogance. Baraminology simply accepts major discontinuity between species at face value and accepts them as they are. Evolutionists have to impose an all-encompassing tree on all of life, without ever having observed past confluence of species. Thus, it is not science.
My paper withstood a year’s worth of review in BMC Genomics and was accepted as publication-worthy science by its editorial staff. Thus, professional evolutionists state that my work is respectful science. Alas, other evolutionists, such as De Jong do not agree, not because of the science in my papers, but rather because of her evolutionary presuppositions. Thus, she feels motivated to take down something which deems a religious heresy.
De Jong apparently has a long history of blatantly trying to censor opposing viewpoints. In 2006, she criticized Dr. Maciej Giertych, a Polish population geneticist, merely for being critical of evolutionary theory in a simple eleven-sentence opinion letter to Nature in 200619.
De Jong obviously wrote her article on Panda’s Thumb without having fully reviewed my work in BMC Genomics and CRSQ. She raised several questions which had already been answered in the BMC Genomics paper. Thus, it is painfully obvious that her work is a foregone conclusion, guided by her religious presuppositions and not the actual data.
I have answered the criticisms of De Jong in this article. I applied a whole genome algorithm to genetic data from several families of carnivores to facilitate the classification of the red panda. This is an innovative approach compared to previous methods which analyzed only handfuls of genes. Based on my analysis the red panda could well belong to the family of martens. Though the red panda may be a distant member of this group, being isolated in the Himalayas, the distance is smaller compared to the black-footed cat and other cats.
Red.: For two Dutch articles on the red panda and Cserhati’s research see: https://oorsprong.info/de-lichte-steekjes-van-dr-gerdien-de-jong-op-pandas-thumb-artikel-op-oorsprong-en-onderliggende-bronnen-bekritiseerd/ and https://oorsprong.info/wetenschapper-lost-creationistisch-biosystematisch-raadsel-van-de-rode-panda-ailurus-fulgens-op/.
References
Trees of life: do they exist? – Inaugurele rede van dr. Richard Buggs aan de ‘Queen Mary University of London’
Op 16 november 2022 sprak de plantengeneticus dr. Richard Buggs zijn inaugurele rede uit aan de Queen Mary University of London’. Helaas is de lezing niet Nederlands ondertiteld, maar wel met Engelse ondertiteling te volgen. De samenvatting op het YouTube-kanaal luidt: ‘“Trees of life” are discussed in three senses: (1) Tall woody plants; (2) The Darwinian tree of life; (3) The Biblical tree of life. As QMUL’s Professor of Evolutionary Genomics, Richard Buggs compares the evidence for these trees of life. He reflects on life as a biologist and a Christian, and on religious and ethnic inclusion at the Russell Group’s most diverse University.‘ Met dank aan de universiteit voor de opname van deze inaugurele rede.
Feedback & Vragen 2022: Commentaar op de presentatie van dr. Peter Borger – Wel of geen ‘big surprise’?
Vorige maand werd het congres ‘Bijbel & Wetenschap’ georganiseerd. Op dit congres sprak moleculair bioloog dr. Peter Borger. Zijn lezing had als titel: ‘Terug naar de oorsprong: over baranomen en soortvorming’. In deze lezing haalde Borger onderzoek naar de zandraket (A. thaliana) aan en het citaat ‘a big surprise’. Op de manier van aanhalen kwam via Twitter kritiek. Hieronder een reactie op de kritiek.1
De kritiek van drs. Bart Klink2 :
“Peter Borger heeft het vanaf ca. 25 minuten over onderzoek naar de zandraket en claimt de auteurs te citeren dat hun bevindingen ‘a big surprise!’ waren. Ik kan dat citaat alleen niet vinden in het artikel (…). Hoe zit dat Peter?”
Peter Borger gaf aan dat je dergelijke uitspraken nooit kunt vinden in het wetenschappelijk artikel. Hij gaf de referentie van het citaat echter niet, maar maande Bart Klink om verder te zoeken.
Drs. Bart Klink3:
“Een citaat is een letterlijke tekst uit je bron. Waarom staat die er niet in, zoals je claimt op je slide?”
En verder4:
“Ik wil erop kunnen vertrouwen dat als jij een onderzoek aanhaalt, dat daarin ook daadwerkelijk staat wat jij claimt dat erin staat. Dat is hier dus niet het geval. Wat vind jij van deze omgang met literatuur Jan van Meerten?”
In reactie hierop gaf ik aan dat ik niet bekend ben met het onderzoek naar de zandraket noch met alle interviews die de auteurs gedaan hebben naar aanleiding van dat onderzoek. Daarom kan ik er dus niets zinnigs over zeggen. Maar ik gaf aan de auteurs wel te kunnen mailen of het inderdaad ‘a big surprise’ was. Maar dat ik niet bij voorbaat in het beklaagdenbankje wil gaan zitten. Heb de auteurs uiteindelijk niet gemaild want, zo gaf ik aan, vind ik de vraag of de auteurs dit ‘a big surprise’ vinden niet zo spannend.
Repliek
De vraag bleef mij echter bezighouden en daarom heb ik kort verdiept in de herkomst van het citaat. Hieronder mijn reactie op de reactie van drs. Bart Klink. Op het congres gaf dr. Peter Borger twee voorbeelden van polyvalentie, namelijk verlies of verdubbeling van DNA. Het eerste voorbeeld was die van de zandraket (Arabidopsis thaliana). Borger gaf in de dia aan dat genetische analyse aantoonde dat elk tiende gen redundant is en verloren mag gaan. Daarmee was de voorouder van deze soorten genetisch veel rijker en complexer, niet eenvoudiger! Borger geeft op de dia in citaatvorm ‘A big surprise!’ weer. Bron voor de dia is een paper van Clark et al. in Science.5 Bart Klink doet voorkomen alsof de referentie naar de wetenschappelijke paper óók de bron is voor ‘a big surprise’. Hij is gaan zoeken op het citaat in de originele paper en vond dat niet. Dat klopt, het citaat staat ook niet in het Science-paper. Dit is conform wat Peter Borger via Twitter liet weten. Ik zie de referentie overigens ook meer als bron van de dia dan als bron van het citaat.
Dezelfde tekst kwam ik elders via Twitter op een andere dia van Borger tegen over deze zandraket.6 Hier stond nog een extra bron toegevoegd. Het is een link naar Phys.org. Het artikel draagt de titel ‘One species, many genomes’. In dit artikel vinden we de strekking van het citaat terug. Medeonderzoeker dr. Detlef Weigler geeft in het artikel het volgende aan: “That even in a minimal genome every tenth gene is dispensable, has been a great surprise.” Het artikel meldt daarnaast dat het ‘is surprising that Arabidopsis has such a plastic genome’ en ‘the results were surprising’.7 Een ander artikel op Phys.org met als titel ‘Charting ever-changing genomes’. We vinden daar wel het woord ‘surprising’ terug. Het is opnieuw dr. Weigel die via dit artikel het volgende aangeeft: “We found that one out of 10 genes is very different. This plasticity is truly surprising for a genome that’s very streamlined and unlike bigger genomes doesn’t contain a lot of junk DNA.”8 Via Google zocht ik verder naar het originele citaat. Ik kwam erachter dat Arabidopsis zelfs een eigen website heeft (TAIR). TAIR staat voor The Arabidopsis Information Resource. Onder het artikel ‘Policy Statement on Arabidopsis thaliana Reference Sequence’ is een reactie van dezelfde dr. Weigel te vinden. Op 25 november 2008 schrijft dr. Weigel: “While whole-genome sequencing of EMS mutants to identify causal mutations does work (we are three for three so far), a big surprise has been the number of mutations, either spontaneous or left over from previous rounds of mutagenesis. Starting with a single individual of CS70000 would be a good strategy for any mutant screen, but even then, be aware that individual, not mutagenized lines will undoubtedly have mutations that distinguish them from the canonical CS70000 sequence, which will be the average from many individuals.”9
‘A great surprise’, ‘a big surprise’ en ‘surprising’ geeft de strekking van het citaat en het letterlijke citaat. De uitkomsten bleken voor de onderzoekers verrassend. Interessant? Nee, eigenlijk niet. Relevant? Nee, eigenlijk ook niet. In spreekwoordenland zou ik dit ‘spijkers op laag water zoeken’ noemen. Allereerst geeft dr. Borger in zijn dia niet aan dat het citaat ook uit het originele paper komt. Ten tweede komt het citaat of de strekking van het citaat verschillende malen voor in de populair-wetenschappelijke artikelen over het onderzoek. Ten derde is het voor mij niet zo interessant of een auteur de uitkomst wel of geen ‘big surprise’ vindt. Het onderzoek naar de zandraket (Arabidopsis thaliana) is daarentegen wel interessant en met dank aan dr. Borger weet ik er weer wat meer van.
Voetnoten
Snelle soortvorming met bioloog dr. John A. Davison – Bespreking van ‘An Evolutionary Manifesto’
In 2000 schreef de bioloog dr. John A. Davison een document, waarin hij uitlegt hoe soorten razendsnel kunnen ontstaan.1 Zijn betoog kan worden gezien als onderbouwing van de hypothese hoe na de zondvloed onder de dinosauriërs in korte tijd veel nieuwe soorten opdoemden. Hieronder volgt een opsomming van enkele hoofdpunten uit Davisons relaas.2
Deze wetenschapper verwerpt het neodarwinisme. Langzame accumulatie van blinde, toevallige puntmutaties in genen leveren volgens hem geen nieuwe soorten op. Hooguit leiden puntmutaties tot subspecies, dat zijn gespecialiseerde variaties binnen een bestaande soort, bijvoorbeeld verschillende hondenrassen. Davison beschouwt degelijke ontwikkelingen echter als evolutionaire doodlopende stegen.
De motor achter soortvorming
Volgens Davison zijn veranderingen in de structuur, het arrangement van de chromosomen, tijdens de eerste fase van de meiose (het celdelingsproces waarbij de geslachtscellen ontstaan) de motor achter soortvorming. Tijdens de eerste fase van de meiose komen chromosomen van de vader en de moeder naast en om elkaar te liggen. Daarbij kunnen zogenaamde inversies, duplicaties, deficiënties en crossing-overs plaatsvinden. Door dit soort positiewisselingen en recombinatie van stukken van chromosomen tussen de vader en moeder chromosomen ontstaat een nieuw karyotype (een nieuwe chromosomenstructuur) in een individueel organisme. Als dat tot expressie komt vormt zich een organisme met nieuwe eigenschappen en als dat zich weet voort te planten ontstaat een nieuwe soort. Deze soortvorming zal zich vooral in kleine populaties voordoen.
Kortom: nieuwe soorten ontstaan, volgens Davison, door chromosomale herschikking. Het ontstaan van gespecialiseerde subspecies (rassen) is vooral het gevolg van puntmutaties en expressie-veranderingen van genen.
Saltatie
Davison benadrukt dat een nieuwe soort niet geleidelijk ontstaat, maar altijd plotseling; het gaat om soortvorming à la minute, doordat de ‘reshuffling’ van de chromosomen in ‘no time’ tijdens de eerste fase van de meiose plaatsvindt. Soortvorming voltrekt zich dus niet volgens het recept van Darwin in slakkentempo, maar eerder met de snelheid van het licht.3 Dit abrupte opdoemen van een nieuwe soort verklaart waarom de levensvormen discontinu zijn: je ziet nergens geleidelijke overgangsvormen tussen soorten, ook niet in het fossielenarchief. Soortvorming gebeurt in sprongen.
Doordat nieuwe soorten opeens, in één stap, verschijnen, door een nieuw arrangement van chromosomen, is het ontstaan van nieuwe soorten ook een onomkeerbaar proces: je kunt de chromosomale herschikkingen niet terugdraaien. Verder constateert Davison dat het ontstaan van nieuwe soorten vanaf het Vroege Tertiair (Eoceen) zo’n beetje is beëindigd, enkele uitzonderingen daargelaten. Aan de mogelijkheid tot nieuwe chromosomale arrangementen zit klaarblijkelijk een grens of ze is aan bepaalde condities gebonden. Wel blijft via genexpressie en puntmutaties nog de ontwikkeling van subspecies mogelijk.
Het ontstaan van nieuwe soorten door chromosomale ‘reshuffling’ impliceert dat alle informatie voor het ontstaan van een nieuwe soort al in het genoom, het geheel van chromosomen, van een basistype aanwezig moet zijn. Het is alleen wachten op het moment dat de chromosomale herschikking opeens een nieuwe soort, met meerdere nieuwe kenmerken, oplevert.
Waarschijnlijk speelt bij de initiatie van chromosomale herschikking de externe factor van milieuprikkels een activerende rol. Milieu- of predatiestress stimuleert mogelijk het ontstaan van nieuwe chromosomale arrangementen. Daarom doet zich in tijden van extreme ecologische veranderingen een explosieve soortvorming voor, b.v. onder de dinosauriërs na de zondvloed.
Dinosauriërs
Davison werkt dit voorbeeld van de ontwikkeling van de dinosauriërs in het Mesozoïcum uit aan de hand van wat Otto Schindewolf hierover heeft geschreven. Deze Duitse paleontoloog typeert deze ontwikkeling met drie termen4:
- Typogenese: het opeens aan het eind van het Trias in de aardlagen verschijnen van kleine basistypen van dinosauriërs. Binnen het creationistische rekolonisatiemodel, waarbij de aardlagen vanaf het Perm het einde van de zondvloedafzettingen markeren, zou dit verschijnen van deze basistypen het vrijkomen van deze dieren uit de Ark weergeven.5
- Typostasis: de diversificatie van de basistypen in verschillende soorten. Zo vormen zich uit de basistypen verschillende soortenzwermen van dinosauriërs. Het optreden van een serie parallelle veranderingen in de chromosomale structuur van de dino-basistypen zou hiervan de oorzaak zijn.
- Typolysis: het ontstaan van gigantisme en overspecialisatie onder de dinosauriërs waardoor zich binnen deze dieren extreme en bizarre lichaamsvormen ontwikkelen; die zijn deels het gevolg van nieuwe chromosomale arrangementen en deels het resultaat van puntmutaties of gedifferentieerde genexpressie.
Davison benadrukt dat het hier steeds gaat om de expressie van informatie die al in de genomen van de verschillende basistypen van de dinosauriërs lag opgeslagen. Door omgevingsprikkels, die tot chromosomale ‘reshuffling’ leiden, worden deze in het genoom verborgen mogelijkheden geactiveerd. Het lijkt er sterk op dat juist ná de zondvloed deze pulsen van soortvorming zich hebben afgespeeld. Eerst onder dinosauriërs, ammonieten, foraminiferen, mosasauriërs, ichthyosauriërs, plesiosauriërs enz. in het Mesozoïcum en daarna in het Tertiair, toen er op aarde zich weer compleet nieuwe ecologische condities manifesteerden, ook onder zoogdieren, zoals paarden, walvissen, neushoorns en specifiek Titanotheres. Het verschijnen van de Australische buideldieren in het Tertiair hoort ook in dit rijtje thuis.6
Grote Ontwerper
Davison geeft nog aan dat al die informatie in de genomen van basistypen, waardoor de postzondvloed pulsen van soortvorming mogelijk waren, niet door blind toeval kan zijn ontstaan, maar moet zijn ontworpen. Toeval bouwt geen hoogst complexe informatie op, alleen ontwerp doet dat.
Zo komt hij uiteindelijk uit bij een Grote Ontwerper: God, die in zijn schepping ‘niet dobbelt’ en het toeval het werk laat doen, maar die bewust en actief ontwerpt. Op basis van al deze inzichten concludeert Davison: “Every aspect of both the living and nonliving world is totally at odds with an atheist and agnostic position“.
