Home » Genetica

Categorie archieven: Genetica

Het zijn geen reuzenwolven (Aenocyon dirus) – Dr. Todd Wood reageert op een mediahype

Time Magazine heeft deze week een coverstory over Colossal Biosciences  en hun voortgang op het gebied van onderzoek naar de-extinctie, {het ongedaan maken van de uitsterving van een soort}.1 In het artikel wordt herhaaldelijk beweerd dat de drie onlangs geboren wolvenwelpen reuzenwolven {Aenocyon dirus} zijn. Dit ondanks dat het artikel zelf genoeg informatie geeft om die bewering ondubbelzinnig te weerleggen. Ik erken dat dit een indrukwekkend onderzoeksproject is en dat deze dieren kenmerken vertonen die mogelijk lijken op die van reuzenwolven. Ook zal de technologie die ontwikkeld wordt belangrijke toekomstige toepassingen bevatten. Maar de dieren die {de onderzoekers} hebben voortgebracht zijn geen reuzenwolven.

Het zijn geen reuzenwolven, het komt er zelfs niet in de buurt.

Reuzenwolven zijn uitgestorven hondachtigen die leefden in Noord-Amerika en bekend zijn geworden van fossielen die overal op het continent zijn aangetroffen, met name in de beroemde La Brea-teerputten (Californië). Het waren grote dieren, mogelijk zelfs {tot} twee keer zo zwaar als de grijze wolf {Canis lupus}. {Het soort} stierf uit samen met andere grote Amerikaanse roofdieren, zoals de Amerikaanse {holen}leeuw {Panthera atrox} en de Kortsnuitbeer {Arctodus simus}. {Reuzenwolven} waren bovendien veelvoorkomend: in La Brea overtreffen fossielen van de reuzenwolf die van de grijze wolven, met een verhouding van 1 op 100. {Dus 100 fossielen van de reuzenwolf tegenover 1 fossiel van de grijze wolf.}

Eerder hebben sommige paleontologen gesuggereerd dat er een nauwe verwantschap bestaat tussen de reuzenwolf en de grijze wolf, maar genoomsequencing van skeletresten van de reuzenwolf heeft laten zien dat de reuzenwolf niet nauwer verwant is aan de grijze wolf, dan {dat het verwant is} aan coyotes en jakhalzen.2 De genomen van al deze hondachtigen vertonen veel overeenkomsten, maar er zijn belangrijke verschillen die de reuzenwolf uniek maken. Nog belangrijker is dat het genoom van de reuzenwolf geen tekenen van introgressie, {een proces waarbij genetisch materiaal van de ene soort wordt opgenomen in de genenpool van een andere soort}, vertoont in de genomen van moderne hondachtigen. Dat betekent dat ze niet hybridiseerden. Moderne hondachtigen, zoals coyotes en grijze wolven hybridiseren vaak genoeg om tekenen van introgressie in hun genomen te vinden. Hierbij worden genen die oorspronkelijk tot de ene soort behoren in de andere soort aangetroffen. Bij reuzenwolven is dat echter niet het geval. Hieruit kunnen we concluderen dat reuzenwolven voldoende verschillend waren van andere Amerikaanse hondachtigen om te hybridiseren.

Het team van Colossal Biosciences heeft cellen afgenomen van een volwassen grijze wolf en vervolgens 14 van zijn genen aangepast. Daarna hebben ze deze gemodificeerde cellen gekloond. Ze rapporteren drie succesvolle geboortes, waarvan er twee {pups} oud genoeg zijn om enkele {voor grijze wolven} ongebruikelijke eigenschappen te laten zien, zoals de kleur, grote lichaamsmassa en kennelijk eigenaardige vocalisaties (zoals altijd moeten deze claims met een korreltje zout worden genomen, aangezien ik geen wolvenexpert ben en geen toegang heb tot deze dieren om deze claims te verifiëren). Ik twijfel er niet aan dat deze 14 genen specifiek zijn gekozen om te correleren met deze eigenschappen. Ze wilden een wolf creëren die zich onderscheidt van de typisch grijze wolf, en daarin zijn ze geslaagd.

Maar het zijn geen reuzenwolven. Waarom niet? Het genoom van zoogdieren bevat tienduizenden genen. Velen daarvan zijn identiek bij diverse zoogdiersoorten, maar de meesten kennen duidelijke verschillen die het bijvoorbeeld mogelijk maken om een wolven-gen van een coyote-gen te onderscheiden. Hoewel wetenschappers al geruime tijd werken aan het ontdekken van de relaties tussen de genen en het uiterlijk van een dier, hebben we nog steeds een slechts zeer gebrekkig inzicht hierin. We kunnen misschien iets zeggen over vachtkleur en lichaamsmassa, maar het volledige geheel van wat een reuzenwolf {genetisch} onderscheidt van een grijze wolf is lang niet goed bekend.

Het vervangen van het complete genoom van een grijze wolf in dat van een reuzenwolf, zou een lang en duur proces zijn. Daarom hebben ze natuurlijk een stap overgeslagen en zich gericht op wat zij, {de onderzoekers}, beschouwen als dé essentiële verschillen die het dier er anders uit zouden laten zien dan een grijze wolf, en {er zelfs voor zou kunnen zorgen dat} het dier zich anders zou gedragen of anders zou klinken. Maar wat ze hebben gecreëerd zijn grijze wolven met enkele eigenschappen die mogelijk, op een bepaalde wijze, de eigenschappen van een reuzenwolf weerspiegelen. We kunnen daar niet eens zeker van zijn, omdat we geen levende reuzenwolven hebben ter vergelijking. We kunnen er wel zeker van zijn dat ze geen ‘nieuwe’ reuzenwolven hebben gecreëerd.

Ter analogie: stel je voor dat je een leeuw neemt en zijn genoom aanpast zodat 14 genen overeenkomen met de genen van een cheeta. Niemand die bij zijn volle verstand is, zou verwachten dat die katten, {de welpen}, cheeta’s zijn. We zouden zeggen dat het leeuwen zijn met enkele cheetagenen. Misschien is hun kleur anders of gedragen ze zich anders, maar het zijn geen cheeta’s. Het zijn volledige nieuwe wezens die nooit eerder hebben bestaan. Dat is precies wat Colossal Biosciences hier heeft gedaan.

Ze brachten dit punt {ook} naar voren in het Time-artikel en de reactie van hun Chief Science Officer Beth Shapiro is typisch marketingtaal:

“Onze mammoeten en reuzenwolven zijn mammoeten en reuzenwolven volgens die definitie”, zet Shapiro. “Ze hebben de belangrijkste eigenschappen dat dat organisme uniek maken”

De definitie waar ze het over heeft, is het hebben van genetische eigenschappen die overeenkomen met de uitgestorven soort. Maar dit is onzinnig. We kunnen menselijke genen in muizen plaatsen, net zoals Colossal Biosciences mammoetgenen in muizen heeft geplaatst. Maar dat maakt die muizen geen mensen of mammoeten. Het zijn gewoon muizen met vreemde genen. Alleen omdat we een paar genen van een {specifieke} soort in een ‘nauw verwante’ soort plaatsen, verandert dit de ontvangende soort niet in de oorspronkelijke soort. Een betere vergelijking zou Disney Imagineering zijn, maar in plaats van onhandige robots die enigszins lijken op uitgestorven soorten, krijgen we nu levende dieren die enigszins lijken op uitgestorven soorten.

Dat betekent echter niet dat de technologie die ze ontwikkelen niet nuttig of zelfs belangrijk zou kunnen zijn. Het werk dat ze doen met rode wolven {Canis rufus} is echt intrigerend: ze nemen verloren {gegane} genen uit {eerdere} populaties van de rode wolf en manipuleren {deze} rode wolven genetisch met die genen om zo de genenpool van de rode wolf te versterken. Dat zou werkelijk impact kunnen hebben op de versterkingen van het natuurbehoud van de rode wolf. Het maakt gebruik van dezelfde technologie als die van de pseudo-reuzenwolven.

Maar deze pseudo-reuzenwolven zijn een slimme marketingtruc die de cover van Time heeft gehaald. Het zijn schattige puppy’s, en mensen kennen deze uit {de fantasy-televisieserie} Game of Thrones. {Dit nieuws} heeft Colossal {Biosciences} veel aandacht bezorgd en het heeft de investeerders ongetwijfeld tevreden gesteld. Dit zijn echter volledig nieuwe dieren die heel weinig gemeen hebben met echte reuzenwolven.

Noot van de redactie: De tekst tussen accolades, hierboven, is door de vertaler toegevoegd om het leesbaar te maken of te verduidelijken. Naast dat het geen reuzenwolf is moet er ook gesproken worden over de ethische consequenties van een dergelijk sleutelen aan genen.

Dit artikel is met toestemming van de auteur vertaald en overgenomen van zijn website. Het originele artikel is hier te vinden

Voetnoten

‘Biblical Genetics’ – Lezing dr. John Sanford op de ICC

In de zomer van 2023 vond de negende International Conference on Creationism plaats. Op deze website is daarover veelvuldig bericht. Naast presentaties van papers, posters en abstracts waren er ook zogenoemde ‘evening sessions’. In deze ‘evening sessions’ werd de huidige stand van zaken binnen een vakgebied (vanuit het perspectief van het klassieke scheppingsgeloof) besproken. Hoewel vooral gericht op (en soms niet breder kijkend) dan het Amerikaanse continent, zijn deze lezingen ook zinvol voor Europees-creationaire wetenschappers. Is Genesis History, bekend van de twee documentaires, heeft deze lezingen opgenomen en zijn voornemens om deze dit jaar ook online te publiceren. Op dinsdagavond 18 juli 2023 hield geneticus dr. John Sanford een lezing over de plaats van ‘Biblical Genetics’ in ‘Creation Science’. Hieronder is deze lezing terug te kijken, met dank aan Is Genesis History.

Op deze website hebben we al vaker aandacht besteed aan het werk van dr. John Sanford. Zo publiceerden we een NIH-lezing van deze geleerde (lezing en artikel) en vatte dr. Erik van Engelen zijn boek over ‘genetic entropy’ samen in vier artikelen (artikel 1, artikel 2, artikel 3 en artikel 4).

‘Chimp and Human (Dis)similarities’ – Dr. Robert Carter sprak voor de livestream van Logos Research Associates

Spreken over verschillen en overeenkomsten tussen de chimpansee en de mens, kan leiden tot een verhit debat. Dat ervaarden we eind 2024 nog na plaatsing van een artikel van dr. Peter Borger over het y-chromosoom.3 Gisteren was (marien) bioloog dr. Robert Carter te gast in de livestream van Logos Research Associates. Dr. Robert Carter heeft zich de afgelopen jaren intensief beziggehouden met (vooral) de genetische verschillen tussen chimpansees en mensen. Met dank aan LRA voor de lezing.

Deze samenvatting werd onder de video geplaatst:

“The genetic similarity of humans and chimpanzees has long been championed as evidence for evolution. The newest gene sequences tell us that, indeed, there are long stretches of highly similar DNA between us. On the other hand, there are areas with very poor similarity and some regions that are not even comparable. In the end, the question is not about percent similarity (which will be below 95%). Instead, the question is, “How many mutational changes are necessary to explain these differences in (an assumed) 6.5 million years?” They simply might not have enough time.”

Voetnoten

The First Nordic Creation Research Conference (2) Dr. Peter Borger – Variation Inducing Genetic Elements: A new “old” look at Transposable/sed Elements

Op 17 en 18 oktober 2024 vond de eerste Nordic Creation Research Conference plaats. Het thema was genetica en soortvorming. Op dit congres gaf dr. Peter Borger een lezing over de zogenoemde ‘Variation Inducing Genetic Elements’. Zijn lezing had als titel ‘Variation Inducing Genetic Elements: A new “old” look at Transposable/sed Elements’. Met dank aan de organisatie is deze lezing opgenomen en hieronder te bekijken. Voordat u deze lezing bekijkt, is het goed om eerst de samenvatting te lezen.

Excerpts of the lectures of the first Nordic Creation Research Conference

During October 17-18 2024 the first Nordic Creation Research Conference was held in Malmö in which Researchers from different countries gave lectures on developments within their field of research. The conference was planned to be the first of its kind where creation organizations from different Nordic countries will take turns hosting. The conference was presented by the Swedish Creationist Society Genesis in cooperation with the School of Theology in Uppsala.

The following speakers participated:

  1. Tomi Aalto (Finland).
  2. Peter Borger (Germany).
  3. Nigel Crompton (USA).
  4. Ola Hössjer (Sweden).
  5. Frank Karlsen (Norway).
  6. Andy McIntosh (UK).
  7. Boris Schmidtgall (Germany).

This first conference had its primarily focus on the advancements in modern genetics regarding species boundaries and mechanisms of speciation. Here are the excerpts of the lectures:

Tomi Aalto: Organismal Variation in a Post-Genesis World in the Light of Epigenetics

Change occurring in organisms is a visually observable fact. Organisms adapt to changing environmental conditions effectively and rapidly. In the process of adaptation, the phenotype of organisms (the entity of an individual’s observable characteristics) often changes so significantly that researchers designate new species.

Epigenetics is a relatively recent field in molecular biology that studies the effects of additional layers of instructions that lie on top of or outside of DNA on the adaptation and change of organisms. DNA methylation, histone epigenetic markers, and non-coding RNA molecules are key factors in epigenetic regulation. The most significant cellular mechanisms contributing to biodiversity are alternative splicing and RNA editing, both controlled by epigenetic mechanisms and factors. An organism’s epigenome, the comprehensive network of epigenetic mechanisms and factors working together, acts as a processor for signals from the environment, guiding the epigenetic regulation of the organism’s cells and the adaptation of organisms.

The three most significant mechanisms for variation in organisms are: (1) Epigenetic regulation without changes in DNA, (2) DNA sequence changes caused by epigenetic regulation and unintended errors, leading to DNA rearrangement and a loss of information, and (3) Intentional changes in the DNA base sequence.

Epigenetic regulation adds mutational stress to the cell’s genome, leading to inevitable genetic degradation. In all organisms, the GC content of the genome inevitably shifts to AT content due to the absence of a specific DNA repair mechanism. This shift results in genetic errors and the collapse of gene regulatory regions, causing genes to become non-functional, leading to so-called pseudogenes. The conversion of methylated cytosine to thymine, related to thermodynamic laws and exacerbated by increased temperatures, accelerates the loss of biodiversity especially as global temperatures arise.

This phenomenon is evident in nature, including humans, particularly affecting CpG islands and gene regulatory areas. The cell lacks a mechanism for re-building CpG islands, so imaginary evolution has no chance of overcoming this inevitable genetic entropy. Consequently, when genes cease to function, organisms rearrange their DNA, resulting in observable phenotypic changes that is called speciation. However, this variation, stemming from information loss, is not evolution.

It is important and enlightening to understand the truthfulness of the Biblical creation account. God created organisms in their basic types (bara min (hebr.), after their kinds) and designed sophisticated mechanisms within them, enabling organisms to adapt to a changing environment.

Peter Borger: Variation inducing genetic elements – a new “old” look at transposable and transposed elements

Peter Borger’s VIGE hypothesis and Barbara McClintock’s discovery of transposable elements both emphasize the significant role of mobile genetic elements in generating genetic variability. While McClintock identified transposons as mechanisms for genetic change, Borger extends this concept, proposing that such elements are the primary drivers of purposeful genetic variation and rapid adaptation in organisms. The VIGE (Variation-Inducing Genetic Elements) hypothesis posits that genetic variability is driven primarily by mobile genetic elements rather than random mutations. According to this hypothesis, these elements, such as transposons and retrotransposons, play a crucial role in the rapid adaptation and speciation processes of organisms, because of their functional actions as genetic switches, elements for recombination and chromosomal restructuring. Borger suggests that VIGEs are designed to induce specific, beneficial variations within the genome, thereby facilitating the adaptations and speciation events. This stands in contrast to the traditional Darwinian view, which emphasizes gradual change through random mutations and natural selection. The VIGE hypothesis implies a more dynamic and purposeful mechanism of genetic change, potentially explaining phenomena such as rapid speciation and the presence of complex genetic patterns that are difficult to account for by random mutations alone. The VIGE hypothesis explains diseases and death through the malfunction and/or excessive activity of variation-inducing genetic elements, leading to detrimental genetic changes or disruptions in normal cellular functions. These harmful variations might induce genomic instability or inappropriate gene expression, contributing to the onset of diseases and ultimately impacting organismal viability. In his presentation, Borger discusses how increasingly empirical investigations support the main tenets of his thesis and how it has sparked interest and debate within the scientific community, prompting further research into the mechanisms of genetic variation.

Nigel Crompton: Mendelian Speciation and the Origin of Species

It is apparent in the world around us that species are robust. Species retain their identity over many generations, even closely related species. Nevertheless, in the past these species must have arisen. Numerous examples of adaptive radiations where speciation has been prolific are known. On islands, various novel terrestrial species; and in lakes, various novel aquatic species are often observed. However, on continents with large populations and extensive space, established species are observed to be less prone to change. It is also apparent that from their first appearance novel species thrive; though susceptible to disease they otherwise enjoy vibrant health. Complex novel phenotypes are observed, and in many cases these arise in more than one species within a family, yet independently of each other. Furthermore, in situations where many species have arisen during an adaptive radiation they all appear equally fit. Any explanation for what is observed in the natural world based on multiple beneficial mutations is highly implausible. These manifold features are not what mutation events are expected to cause. However, an explanation based on Mendel’s findings; where recombination results in enormous genetic diversity, and loss of heterozygosity resulting from reproductive isolation results in species fixation, depending on population size, automatically gives rise to all of these features.

Ola Hössjer: Review of created kinds and baraminology

Ola talks about baraminology; the study of created kinds described in the first chapter of Genesis. After an introduction and historical background we analyze the three main goals of baraminology, 1) to identify created kinds, 2) to characterize created diversity and mechanisms of change within each kind, and 3) to find the ancestral history of each kind. Recent availability of large amounts of molecular data has given researchers new tools to reach the overall goal of baraminology; to find a creationist taxonomy in harmony with Scripture. As a result, traditional methods for identifying kinds, based on hybridization experiments and analysis morphological data, are complemented by modern methods that rely on DNA and protein data. Sequence alignment of genomes, the use of ancient DNA and careful choice of molecular features that are diagnostic and tend to separate kinds, are valuable tools for reaching the first goal of baraminology. For the second goal, recent research reveals that many mechanisms of change within kinds are designed in order to enable rapid adaptation to changed environments, within the timeline of a Young Earth Creationist framework. For the third goal, the genetic history of many kinds can be retrieved through analysis of mitochondrial and Y-chromosome DNA. We predict that the active research on baraminology over the last few decades will continue, and that the prospect for future progress is great.

You can watch Dr. Ola Hössjer’s lecture through this link.

Frank Karlsen: A new theory on how God created the Elomics – a possible deeper understanding on how the Trinity created and organized the ultimate diversity of biological, bioecological and molecular biological events within 6 days

The diversity found in the whole atmosphere, the whole ocean and the whole earth had to come in place during minutes and hours – This includes all possible internal, local, and global symbiosis. The Elomics is Gods own system of systems that is operating billion of different variables that has nearly unlimited complexes but at the same time is interdependent. In my studies, I have discovered that all chemical reactions, biophysical interactions, molecular reactions, interdependent symbiosis, purification, regulation of concentrations had to be in balance to secure optimal living conditions for all the created organisms. It means that the biodiversity or the system of chemical reactions found in the atmospheric layers had to be in balance with the earth and the ocean to secure full protection from the sun, stars and universe including right pressure, right condition and right temperature. God the Father creates everything with his own word and with unlimited intelligence – Jesus Christ and the Holy Spirit had to work and organize all the created matters in functional Elomics within the first three days of creation. When the Holy Spirit hovered over the deep and God said let there be light the Trinity introduced the beginning of time, intelligent energy, intelligent work, intelligent organization and the construction of matters. This was the start of the plan for salvation running 4000 years until he said it was fulfilled on the cross. This creation and work to put in place the Elomics had to happen within 6 days and not a minute more. The process and systems of activating the whole Elomics around the whole earth had to happen within minutes and hours. The right humidity, the right concentration of gases, chemical and particles in all the atmospheric layer had to be established as soon as possible within the same time as the symbiosis of all microbiota and all plants came in place on day 2 and day 3. The law of physics, chemistry and mathematics had to work together with the law of Love and the law of the Spirit.

Andy McIntosh: Some observations concerning the thermodynamic implications of the endergonic bonds in living systems

Coded instructions are neither matter nor energy and yet are real and vital to all that exists in living systems. In this review he shows that language / coded instructions constrain the local thermodynamics and not the other way round. Thus there is a top-down flow of control such that the thermodynamics is essentially governed by software in a remarkably similar way to man-made digital computers being controlled by programmed algorithms originating from intelligent minds. The information within all living systems expressed through the non-material DNA coding is a product of a Mind confirming John 1:1 “In the beginning was the Word, and the Word was with God, and the Word was God.” Scripture teaches that intelligence comes before matter, and living systems demonstrate this principle. Furthermore there is a thermodynamic implication when any information is stored on a substrate. It is known that there is a minimum energy transfer (the Landauer limit) involved in the erasure of any coded instruction. In the same way, this also applies when information is stored in an ordered system through the codon triplets on the DNA (the substrate in living systems), and we make some initial observations concerning the thermodynamics of this system. It has been found that for each codon, there is a small but significant energy input required to raise the free energy and to make the endergonic bonds (and thus a non-spontaneous process) across the nucleotide pairs of DNA. Remarkably this energy input required is very close to the minimum Landauer limit. This of course is but one example of the myriads of precise endergonic bonds needed in all the biochemistry of living systems, and shows that exquisite systems design is required to cause these specific energy pathways to operate effectively, and to use the energy flow so efficiently.

Boris Schmidtgal: Review: Created diversity in life’s light harvesting systems

The ability to harness light energy for vital functions is a fundamental property found in all domains of life. It is based on a number of different light-harvesting proteins or protein ensembles that can convert light energy into other forms of energy. Comparisons of these energy conversion systems reveal a rich diversity and striking differences in the structure and function of these nano-machines. The persistent failure of attempts to arrange these proteins and macromolecular systems in evolutionary lineages confirms the assumption that the different types of light-harvesting systems represent a striking example of created diversity in God’s creation. Key concepts: photosynthesis, light-driven proton- and electron-pumps.

The goal is to also present the lectures online on genesis.nu.

Noot van de redactieHet bovenstaande verslag is in het Engels. We hopen dit, als de Heere het geeft, ook in het Nederlands te vertalen. Deze en komende maand willen we echter ook de lezingen delen via deze website, dan is het handig om eerst de bovenstaande abstracts gelezen te hebben. Zo zijn de lezingen beter te volgen.

‘Leugen-gen’ belemmert vooruitgang wetenschap

Het gebruik van de evolutietheorie als uitgangspunt heeft de genetica jarenlang op het verkeerde been gezet. Ideologisch gemotiveerde woorden zoals ”pseudo-gen” en ”junk-DNA” vertraagden de wetenschappelijke vooruitgang met tientallen jaren.

Dat blijkt uit een overzichtsartikel over pseudo-genen dat het toonaangevende tijdschrift Nature eind vorig jaar publiceerde (zie kader ”Pseudo-gen als dogma”). Pseudo-genen, zogeheten ”schijn-genen” of ”leugen-genen”, zouden in de loop van het evolutieproces door mutaties kapot zijn gegaan en hun functie hebben verloren. Deze genen werden daarom beschouwd als junk-DNA (afval-DNA) en als het ultieme bewijs voor evolutie.

De term pseudo-gen kreeg vaste voet in de literatuur nadat in 1977 in het genoom van de Afrikaanse klauwkikker (Xenopus laevis) een serie afgeknotte genen werd aangetroffen. Deze verkorte genen leken erg op het zogeheten 5S-gen, maar ze leken geen functie te hebben; de bijpassende eiwitten werden niet aangetroffen in de cellen.

Defect

De onderzoekers concludeerden destijds dat het restanten moesten zijn van evolutie, zoals de Japans-Amerikaanse evolutiebioloog Susumu Ohno meende (zie kader ”Junk-DNA als misvatting”). Ze noemden deze genen daarom pseudo-genen, leugen-genen of schijn-genen. De term pseudo-gen werd daarna de standaardnaam voor vrijwel elke stukje DNA dat eruitzag als een verkort of defect gen.

Al snel werden pseudo-genen overal in het DNA van organismen waargenomen. En ze werden een van de belangrijkste moderne argumenten voor evolutie. Met name in de populaire media werd het pseudo-gen bejubeld als een verpletterende overwinning over het creationisme.

Volgens het artikel in Nature staat inmiddels buiten kijf dat pseudo-genen niet functieloos zijn, maar juist een hele reeks uiterst belangrijke biologische taken vervullen. Pseudo-genen zijn dus geen restanten van een vermeend evolutieproces, en daarmee vervalt een belangrijk argument voor evolutie.

Dit is precies wat meerdere wetenschappers, en dan met name degene die de Bijbelse schepping serieus nemen, steeds staande hebben gehouden. Het is veelzeggend dat de populaire media, wetenschapsbijlagen van kranten en tijdschriften, het Nature-artikel compleet negeren.

PSEUDO-GEN ALS DOGMA

Het artikel in Nature was om meer dan één reden opmerkelijk. Alleen de kop al was de moeite waard. Die luidde: ”Uitdagingen en dogma’s overwinnen om de functies van pseudo-genen te begrijpen”. Dat roept een aantal fundamentele vragen op. Zoals: hoe kunnen functies van pseudo-genen beter worden begrepen als ze geen functie hebben? En wat te denken van de eigenaardige zinsnede ”dogma’s overwinnen”; bestaan er dan dogma’s binnen de wetenschap?

De term ”dogma” in de kop van het Nature-artikel is veelzeggend. Dogma’s zijn leerstellingen die niet ter discussie staan. Dogma’s kunnen obstakels zijn die weten en begrijpen in de weg kunnen staan; ze zijn antiwetenschappelijk. Om daadwerkelijke kennis te vergaren moeten dogma’s dus buiten de wetenschap worden gehouden.

De term pseudo-gen (schijn-gen of leugen-gen) werd gepopulariseerd op basis van het dogma dat de evolutietheorie waar is. Het proces van evolutie zou zijn sporen hebben nagelaten in de vorm van pseudo-genen. Het evolutionistisch denken leverde hier slechts een cirkelredenering op: evolutie is waar, dus er moeten pseudo-genen zijn; we nemen pseudo-genen waar, dus evolutie is waar.

Vanwege dit dogma werd er decennialang vrijwel geen onderzoek gedaan aan junk-DNA (afval-DNA) en pseudo-genen. Nature schrijft dat de keuze voor deze termen waarschijnlijk ook de ontwikkeling van technologieën voor onderzoek aan pseudo-genen heeft gehinderd. „Behalve dat de veronderstelling dat pseudo-genen geen functie hebben een drempel opwierp om ze te bestuderen, belemmerde ze ook de systematische studie door een gebrek aan robuuste technologieën die het mogelijk zouden hebben gemaakt om biologische activiteiten van pseudo-genen te identificeren.”

Het is duidelijk dat de termen junk-DNA en pseudo-gen een mentale drempel vormden. Ze belemmerden de vooruitgang van kennis op het gebied van de genetica en beperkten de ontwikkeling van nieuwe detectietechnologieën in de genetica in ernstige mate. Dit lijkt nu te veranderen.

Maar hoewel het Nature-artikel een belangrijke bijdrage levert om het begrip pseudo-gen uit de wereld te helpen, wordt de oorzaak van het probleem –namelijk evolutionair denken– volstrekt genegeerd. Nergens laat het artikel zich daar kritisch over uit. Zolang de betrokken wetenschappers de oorzaak niet willen erkennen, zullen vergelijkbare scenario’s zich in de toekomst herhalen.

Hoe dan ook, het Nature-artikel kan wel worden opgevat als een pleidooi om de term pseudo-gen helemaal af te schaffen.

Stuiptrekkingen

Sommige pseudo-genen spelen een rol bij de aanmaak van eiwitten die belangrijk zijn bij de embryonale ontwikkeling van levende wezens. Ze sturen de aanmaak van eiwitten door kleine veranderingen in de structuur van DNA te veroorzaken. Vaak komen ze voor in de vorm van micro-RNA; ze bepalen dan de activiteit en de aanmaak van eiwitten van duizenden genen. Terwijl ze actief zijn, komen ze in zulke lage concentraties voor dat wetenschappers meenden dat ze te maken hadden met lekkende genen. En zulke genen, zo dachten ze, waren bezig om dood te gaan; hun zeer geringe activiteiten zouden dan de laatste stuiptrekkingen zijn.

GULO-gen

Er bestaan wel echte pseudo-genen. In dat geval gaat het om genen die door mutaties kapot zijn gegaan. Een bekend voorbeeld is het GULO-gen, dat nodig is om vitamine C aan te maken. Veel organismen, waaronder de mens, hebben een GULO-gen dat niet meer actief is. Het verlies van vitamine C-aanmaak is een gevolg van degeneratie (achteruitgang) en niet van evolutie (voortuitgang).

Door dogmatische evolutionaire opvattingen werd de zoektocht naar de functies van pseudo-genen meer dan veertig jaar lang verwaarloosd. De laatste tien jaar is de belangstelling ervoor weer toegenomen. Wat blijkt? Hoe meer ze worden bestudeerd, hoe vaker wordt ontdekt dat ze belangrijke biologische functies bezitten. Het pseudo-gen ondergaat momenteel hetzelfde lot als junk-DNA: het verlaat zonder applaus stilletjes het podium.

JUNK-DNA ALS MISVATTING

Het opstellen en ontwikkelen van vaktaal, nomenclatuur of terminologie, is een essentieel onderdeel van de wetenschap. Met name in een nieuw vakgebied is zorgvuldige selectie van begrippen van groot belang, omdat deze de pijlers van wetenschappelijke theorievorming zullen worden. Een toevallige of onjuiste keuze van termen veroorzaakt naderhand vaak ernstige problemen.

In de jaren zestig en zeventig van de vorige eeuw stond de genetica nog in de kinderschoenen. In die tijd werden richtinggevende sleuteltermen gekozen om moleculaire processen in de cel te beschrijven. Veel van die terminologie is vandaag de dag nog goed bruikbaar. DNA wordt nog steeds als ”informatie” gedefinieerd, de aanmaak van eiwitten als het decoderen van deze informatie. Termen zoals ”transcriptie” (informatieoverdracht van DNA naar RNA) en ”vertaling” (informatieoverdracht van RNA naar eiwit) zijn nog steeds actueel.

Wetenschappers kozen echter ook terminologie die naderhand onjuist of misleidend is gebleken. Een treffend voorbeeld is de term ”junk-DNA”. Deze term werd gekozen in de overtuiging dat het evolutieproces veel ‘troep’ in het DNA zou hebben achtergelaten.

Evolutiebioloog Susumu Ohno meende zelfs dat er voor elk functioneel gen dat zich in de loop van de evolutie vanzelf had ontwikkeld, ten minste tien kapotte genen in het DNA zouden moeten worden aangetroffen. De term junk-DNA was snel bedacht.

Na publicatie van de baanbrekende resultaten van het ENCODE-project, die aantoonden dat het genoom grotendeels functioneel is, spreken wetenschappers tegenwoordig liever van ”niet-coderend DNA” in plaats van junk-DNA. De nieuwe term is overigens nog steeds misleidend, want dit DNA bevat wel degelijk een functionele genetische code. Weliswaar niet voor eiwitten, maar wel voor RNA dat nodig is om processen in de cel probleemloos te laten verlopen.

De benaming junk-DNA staat tegenwoordig te boek als een van de grootste missers van de levenswetenschappen. Intussen is de term met stille trom afgevoerd.

Noot van de redactie: Inmiddels zijn er nog meer aanwijzingen voor functionaliteit voor dit zogenoemde Junk-DNA gevonden. Functioneel Junk-DNA klinkt als een tegenstrijdigheid. Onlangs publiceerde ‘Discovery Institute’ een lange lijst (zie hier voor een artikel hierover) met functies voor dit afval-DNA.

Dit artikel is met toestemming overgenomen uit het Reformatorisch Dagblad. De volledige bronvermelding luidt: Borger, P., 2020, ‘Leugen-gen’ belemmert vooruitgang wetenschap, Reformatorisch Dagblad RD Maandag 49 (284): 4-5 (Artikel).

Is macroevolutie een opeenstapeling van een heleboel microevolutie?

Veel mensen denken dat er maar één soort verandering is en dat de opeenstapeling van een heleboel kleine veranderingen uiteindelijk leidt tot een grote verandering. In een peer-approved paper tonen Wim DeJong en Hans Degens aan dat er twee soorten verandering zijn die fundamenteel van elkaar verschillen en dat de opeenstapeling van een heleboel microevolutie niet kan leiden tot macroevolutie. Gevolg is dat de overvloedige bewijzen voor microevolutie niet gebruikt kunnen worden als bewijs voor macroevolutie.

Verandering in parameters of in dimensies

Bij hun onderzoek van micro- en macroevolutie maken DeJong en Degens gebruik van een systeemtheoretische aanpak. Elk systeem, dus ook een biologisch systeem (bijvoorbeeld: een cel, een orgaan, een organisme of een ecosysteem), kan beschreven worden met een toestandsvector, die de waarde door de tijd heen weergeeft van een aantal karakteristieke eigenschappen van het systeem. De toestandsvector van een systeem kan op twee, fundamenteel verschillende, manieren veranderen: in zijn parameters of in zijn dimensies. De eerste manier waarop de toestandsvector van een biologisch systeem kan veranderen, definiëren DeJong en Degens als 1e-orde evolutie en de tweede manier als 2e-orde evolutie. Ze laten zien dat beide soorten evolutie veroorzaakt worden door totaal verschillende moleculaire processen. Eerste-orde evolutie wordt gedreven door: productie, recombinatie en selectie van gen-varianten; gen-regulatie; en epigenetische modificatie. Tweede orde evolutie wordt gedreven door de opeenstapeling van niet-gerepareerde, code-uitbreidende mutaties. Doordat de onderliggende moleculaire processen totaal verschillen, kan 1e-orde-evolutie geen 2e-orde evolutie tot stand brengen. De auteurs illustreren dit met een simulatie van de evolutionaire dynamica van een populatie van digitale amoebes. Tenslotte tonen zij aan dat microevolutie en macroevolutie grotendeels gelijk zijn aan 1e-orde evolutie, respectievelijk 2eorde-evolutie; en dat 1e-orde evolutie en 2e-orde evolutie geen continuüm vormen, maar twee fundamenteel van elkaar verschillende veranderingsprocessen zijn. Dit betekent dat het concept ‘evolutie’ nauwkeuriger gespecificeerd kan worden door aan te geven welk type evolutie bedoeld wordt.

Niet valide bewijsvoering voor 2e-orde evolutie

Dikwijls worden in discussies over schepping en evolutie voorbeelden van 1e-orde evolutie (bijvoorbeeld de verandering in de vorm van de snavels van Darwin-vinken) aangevoerd als bewijs voor 2e-orde evolutie (bijvoorbeeld de verandering van bacteriën in mensen). Het onderzoek van De Jong en Degens maakt duidelijk dat deze bewijsvoering niet valide is. De zelfverzekerde claim van Darwinisten en Naturalisten dat de wetenschap allang heeft aangetoond dat bacteriën na vele miljarden jaren van opeenstapeling van mutaties getransformeerd zijn tot mensen, is onjuist. Bovendien is het belangrijk te weten dat het mechanisme dat 2e-orde evolutie tot stand moet brengen (de opeenstapeling van niet-gerepareerde code-uitbreidende mutaties) tegengewerkt wordt tijdens de productie van geslachtscellen. De simulatie van 2e-orde evolutie van een populatie digitale amoebes door DeJong en Degens, illustreert hoe lastig het is om, gedreven door toevalsprocessen, te komen tot opeenstapeling van code-uitbreidende mutaties die een selectief voordeel heeft.

Voortgang van de wetenschap

De voortgang van de wetenschap bestaat dikwijls uit het nauwkeuriger definiëren van concepten en van de processen die er mee samenhangen. Een voorbeeld daarvan is het nauwkeuriger definiëren van het concept ‘evolutie’ door een onderscheid te maken tussen 1e- en 2e-orde evolutie, en de onderliggende drijvende moleculaire processen. Darwinisten en Naturalisten hebben geen behoefte aan het nauwkeuriger definiëren van het concept ‘evolutie’ en de onderliggende moleculaire processen, en blijven liever vasthouden aan hun overtuiging dat organische moleculen een innerlijke drang hebben om zich te ontwikkelen tot steeds ingewikkelder structuren, waarbij kleine veranderingen optellen tot grote veranderingen, als je maar lang genoeg wacht.

Scheppingsgeloof

Christenen geloven dat de levende natuur geschapen is door God. Die levende natuur past zich voortdurend aan aan wisselende omstandigheden in 1e-orde evolutie. Maar 1e-orde evolutie kan geen 2e-orde evolutie tot stand brengen. Iedereen mag geloven dat nog onbekende processen in organische moleculen stap voor stap 2e-orde evolutie tot stand kunnen brengen, maar dat is een irrationeel geloof. Geloven dat een scheppende kracht van buiten onze fysische werkelijkheid de levende natuur tot stand heeft gebracht (inclusief de mechanismen voor 1e-orde evolutie en inclusief de mechanismen die code-uitbreidende mutaties tegenwerken), is een rationeel geloof.

Referenties

[1] De Jong, W., & Degens, H. (2024). Micro-and Macroevolution: A Continuum or Two Distinct Types of Change? Qeios.

Over de paper van dr. ir. Wim de Jong en dr. ir. Hans Degens is hier ook een artikel te lezen.

Deze gastbijdrage is met toestemming van de redactie overgenomen van de website Refoweb. Het originele artikel is hier te vinden.

Beroemde geneticus vertelt NIH dat mensen uitsterven – Synopsis van een lezing

De feiten in de genetica maken, zelfs voor evolutionisten, duidelijk: “We sterven uit” en “Meer dood door selectie zal niet werken.”

Na 40 jaar genetisch werk waarvan 18 jaar specifiek onderzoek naar menselijke genetische degeneratie, werd gepensioneerd onderzoeksprofessor aan Cornell, John Sanford, eindelijk uitgenodigd door sympathieke medewerkers bij één van ’s werelds meest toonaangevende medische instellingen, de National Institutes of Health (NIH), om zijn werk te presenteren.

Ooit was Sanford een evolutionist. Weinig genetici konden zich erop beroemen dat (1) zij betrokken waren bij het voeden van miljarden hongerige mensen in de Derde Wereld en (2) hun uitvindingen waren opgenomen in de collectie van het Smithsonian National Museum of American History. Tot laat in Sanfords carrière leek spreken voor NIH, wat ziende op de bovengenoemde punten eigenlijk tot directe uitnodiging had moeten leiden, helaas permanent gesloten. Waarom? Dr. Sanford was een creationist geworden.

De waarheid zal zegevieren

Op een gegeven moment kan de waarheid echter niet genegeerd worden – vooral als deze medisch relevant is voor een publiek dat zich toelegt op de menselijke gezondheid. Al was het maar om het, voor de hand liggende gegeven, voor te stellen dat de Darwinistische “keizer geen kleren aan heeft” en om te spreken voor degenen wier stem is onderdrukt: “we uitsterven” als menselijk ras – en dat “meer dood door natuurlijke selectie niet zal werken”. John Sanford zette zijn zaak voor menselijke genetische degeneratie uiteen in methodisch-wetenschappelijk detail.

Om de volledige lezing “Mutatie-accumulatie: Is het een ernstige bedreiging voor de gezondheid?” te bekijken, ga dan naar deze link, deze lezing staat ook op YouTube.

De avond voor Sanfords lezing vroegen we ons af of zijn presentatie zou worden geannuleerd, omdat hij bekend stond als creationist en zijn lezing een creationisme-vriendelijke ondertonen had. Ik hoorde dat alle NIH-directeuren de dag ervoor betrokken waren bij een besluit om zijn lezing wellicht te annuleren, vanwege klachten van aanwezige Darwinisten. Het is ironisch dat een medische instelling die erfelijke ziekten bestudeert, leden zou hebben die zich verzetten tegen een lezing over erfelijke ziekten, door een vooraanstaand geneticus! Maar Zijn Voorzienigheid maakte een presentatie mogelijk die lang op zich had laten wachten.

Mutatie-ophoping

Het simpele feit is dat als alle kinderen genetisch meer beschadigd zijn dan hun ouders, “het overleven van de sterksten” een genetische achteruitgang niet zou kunnen omkeren. Darwinisten denken, weliswaar naïef, dat een groot aantal kinderen genetisch béter zijn dan hun ouders. Helaas overwegen zij nooit het scenario waarin alle of de meeste kinderen er (genetisch) slechter aan toe zouden zijn dan hun ouders. In zo’n geval is “het overleven van de sterksten” eigenlijk “het overleven van de beste van de slechtsten”.

Het scenario waarin kinderen (genetisch) slechter af zijn dan hun ouders is jarenlang wiskundig onderzocht. Men kwam tot de conclusie dat wanneer een koppel ten minste één kind zou willen hebben zonder slechte mutaties (laat staan een kind met zelfs maar één goede mutatie), deze vrouw statistisch gezien duizenden zo niet miljoenen kinderen zou moeten baren.

Arme moeder!

Het was een bijna humoristisch moment toen Sanford evolutionist Dan Graur citeerde. Graur betoogde dat als het grootste deel van het menselijk genoom functioneel zou zijn, elke menselijke vrouw 10^35 kinderen zou moeten krijgen om degeneratie van het menselijk genoom te voorkomen (ervan uitgaande dat 99,999% van de gemuteerde nakomelingen sterven). Graur concludeerde dáárom dat het menselijk genoom voor ongeveer 90% uit junk moet bestaan. Sanford wees erop dat zelfs áls het menselijk genoom voor 90% uit junk zou bestaan, in dat geval elke vrouw nog steeds 44.000 nakomelingen zou moeten krijgen.

In het licht van menselijke degeneratie pleiten sommige fanatieke evolutionisten stilletjes voor het genetisch modificeren van het menselijk genoom — als intelligente toevoeging. Ze zien de noodzaak om te komen tot Intelligent Design om zo de menselijke soort te behouden. Helaas zijn ze volledig blind voor het besef dat dit impliceert dat Intelligent Design in de eerste plaats nodig was om de menselijke soort te creëren.

NIH’s Christelijke Erfenis

Sanford toonde indirect aan dat we intelligent ontworpen zijn, maar ook genetisch belast – feiten die vrij nauwkeurig overeenkomen met het christelijke geloof. Het was bemoedigend om te zien hoe onderzoekers en ander medisch personeel bij NIH John hartelijk verwelkomden. NIH heeft ziekenhuizen en klinieken en heeft daar te maken met dood en ziekte. In de NIH-FAES boekwinkel ligt het boek van een NIH-directeur, “De taal van God“, alsof dit wil zeggen dat gedachten over God niet verboden zijn in de medische gemeenschap. NIH heeft ook een kapel waar mensen kunnen bidden. Aangezien NIH zich bevindt in een stad die vernoemd is naar de plaats waar Jezus ooit een verlamde man genas (Bethesda), worden in de hal voor Nobelprijswinnaars deze woorden weergegeven4:

“Now there is in Jerusalem by the sheep gate a pool, which is called in Hebrew Bethesda, having five porticoes. 3 In these lay a multitude of those who were sick, blind, lame, and withered, 3b waiting for the moving of the waters; 4 for an angel of the Lord went down at certain seasons into the pool and stirred up the water; whoever then first, after the stirring up of the water, stepped in was made well from whatever disease with which he was afflicted. John 5:3-5.

Deze gastbijdrage is met toestemming van de auteur vertaald en overgenomen van de website Creation Evolution Headlines (Crev.info). Het originele artikel is hier te vinden.

Dr. Sanford is via deze website bekend door de samenvatting die dr. Erik van Engelen gaf van zijn boek ‘Genetic Entropy’. Deze serie is hier te lezen: https://oorsprong.info/een-vierluik-naar-aanleiding-van-genetic-entropy-van-dr-john-sanford-samenvatting-deel-1/, https://oorsprong.info/een-vierluik-naar-aanleiding-van-genetic-entropy-van-dr-john-sanford-samenvatting-deel-2/, https://oorsprong.info/een-vierluik-naar-aanleiding-van-genetic-entropy-van-dr-john-sanford-samenvatting-deel-3/ en https://oorsprong.info/een-vierluik-naar-aanleiding-van-genetic-entropy-van-dr-john-sanford-samenvatting-deel-4/.

Voetnoten

Information as the Foundation for Life – Dr. Peter Borger sprak voor Forum of Christian Leaders (FOCL)

In 2024 hield moleculair bioloog dr. Peter Borger een lezing voor Forum of Christian Leaders (FOCL) over biologie en informatiewetenschap vanuit het perspectief van het klassieke scheppingsgeloof. Deze lezing is de moeite van het kijken/luisteren waard. Met dank aan FOCL kunnen wij deze lezing terugkijken via het YouTube-kanaal van de organisatie.

Op het YouTube-kanaal wordt ook een soort samenvatting gegeven: “The latest research in the origin of life, self-replication, and nonequilibrium thermodynamics demonstrates that the foundation of living systems is information. This talk explains why even the simplest possible cell requires significant quantities of externally provided information. We explore how cellular organisation is best understood within an engineering framework and how studies into life’s origin represent the earliest stages of the next great scientific revolution centred on the return of teleology to biology.

‘Human Genetic Degeneration?’ – Dr. John Sanford sprak in 2018 voor de National Institutes of Health (NIH)

Op 18 oktober 2018 was dr. John Sanford te gast bij de National Institutes of Health (NIH) om daar te spreken over de degeneratie van het menselijk genoom. Dr. Sanford is via deze website bekend door de samenvatting die dr. Erik van Engelen gaf van zijn boek ‘Genetic Entropy’.5 De lezing van Sanford is opgenomen en hieronder terug te kijken, met dank aan het YouTube-kanaal ‘Evidence and Reasons’.

Voetnoten