Home » Genetica

Categoriearchief: Genetica

Altenoweb bespreekt artikelen over Rode Panda (Ailurus fulgens) van dr. Mátyás Cserháti

Onlangs publiceerde de van oorsprong Hongaarse wetenschapper dr. Mátyás Cserhati twee papers over de biosystematische indeling van de rode panda (Ailurus fulgens).1 Er ontspint zich een kleine discussie rond deze voorgestelde indeling. Evolutiebioloog dr. Gerdien de Jong reageerde via Panda’s Thumb op het artikel.2 Via onze website schreef dr. Mátyás Cserháti een weerwoord.3 Vandaag verscheen er op Altenoweb een reactie en weegging van de discussie door van een bioloog die schrijft onder de pseudoniem Alteno.4

De website Altenoweb wordt door mij gewaardeerd om de genuanceerde kijk op vooral biologische zaken en de uitgesproken voorkeur voor Intelligent Design. De auteur schiet niet direct in een dogmatisch-wetenschappelijke kramp, maar wil de zaken genuanceerd (voorzover dat gaat, natuurlijk) belichten. Daardoor is hij kritisch op de evolutietheorie, maar ook op stromingen die daar lijnrecht tegenover staan. Deze genuanceerd-kritische blik geldt ook voor de beoordeling van papers van dr. Cserháti.

Geen sluitend verhaal

Alteno beoordeelt in de eerste alinea of het gaat om een sluitend verhaal. Het valt Alteno op dat er geen hond (Canidae) meedoet in de clustering en dat de groep van de stinkdieren (Mephitidae) slechts vertegenwoordigd zijn door één soort. Alteno ziet de clustering als resultaat van een wiskundige bewerking, waarbij de onderzoeker de parameters kiest en moet beoordelen hoe reëel de cluster is. “Laat je het model kritischer onderscheiden, dan vind je meer clusters, laat je het model minder kritisch onderscheiden, dan vind je minder clusters.” De vraag is ‘welke verschillen weeg je hoe zwaar’. Dr. Cserháti heeft zich wel verantwoord hiervoor, ‘maar er moet ook een verantwoording zijn dat dit in dit geval adequaat is’.

Ontsporing

Volgens de bovengenoemde dr. De Jong ontspoort het artikel. “Volgens haar kan je uit de resultaten wel een grote mate van verwantschap afleiden, maar je kan nog niet uitsluiten dat deze verwantschap toch uit twee monofyletische zustergroepen bestaat.Alteno vraagt zich af of dr. Cserháti ‘hier eigenwijs is ten opzichte van de statistiek’. Hij vindt ook het gebruik van het woord ‘significant’ vreemd en pleit voor het woord ‘groot’. Alteno: “Hoewel de Rode panda met zijn waarde erg laag zit, valt hij nog binnen de spreiding van het cluster, het verschil is niet te groot.” En: “Hoewel de Rode panda binnen het cluster erg aan de buitenkant ligt, vinden we dat gegeven – op zichzelf – niet doorslaggevend om een soort dan maar buiten het cluster te laten.” Daarom blijft de vraag van Alteno of ‘de clusters biologische realiteit weergeven’.

Mitochondriaal DNA

Alteno bestudeert nu het tweede punt van dr. De Jong over het mitochondriaal DNA van 52 (onder)soorten. Volgens Alteno laten de drie verschillende stambomen zien dat ‘de keuze van de methode de resultaten bepaalt’. Je moet daarom de ins en outs van de methodes goed kennen, dan kun je ‘een soort of een cluster vanuit verschillende perspectieven bekijken en kom je tot meer inzicht’. Het komt Alteno nu over als een rommeltje en het geeft hem het beeld ‘dat we nog behoorlijk in het duister tasten’. Dr. Cserháti is in zijn paper voorzichtig, maar Alteno zou hij een conclusie met possibly nooit trekken. Met dr. De Jong stelt Alteno de vraag ‘of dit wel (op deze manier) gepubliceerd had moeten worden’.

Reactie op antwoord van Cserháti

In het laatste stuk gaat Alteno nog in op het antwoord van dr. Cserháti aan dr. De Jong. Alteno mist in de beantwoording een reflectie op de software, bijvoorbeeld van de MEGA-X-software. “Het kan zijn dat de software alleen goede resultaten oplevert als een outgroup wordt ingevoerd. Wat de outgroup mijns inziens in elk geval bewerkt, is dat er voor de totale onderzochte groep een beperkte set gemeenschappelijke kenmerken wordt gecreëerd, die niet alleen evolutionair betekenis heeft, maar ook van belang is om verschillen en overeenkomsten binnen de groep tegen elkaar af te wegen.” Drs. Klink5 en dr. De Jong hadden ook commentaar op het ontbreken van een ‘outgroup’. Ik denk een terecht punt dat voorgelegd moet wordt aan dr. Cserháti. Alteno gaat nog verder over de ‘outgroup’: “Als je geen outgroup hebt, dan zal je op een andere manier die set moeten creëren, om te kunnen bepalen hoe de afzonderlijke soorten vanaf de gemeenschappelijke set divergeren. De vraag is dus mijns inziens in elk geval wat de software doet als er geen outgroup wordt ingevoerd.” Dat is te zien in de paper van dr. Cserháti. Mijn vraag zou zijn: wat doet de software als er wél een outgroup wordt ingevoerd. Alteno geeft aan dat de hele kwestie rond de rode panda er één is met ‘veel open eindjes’. Daar zal dr. Cserháti het ongetwijfeld mee eens zijn, hij roept immers in zijn CRSQ-paper op om mee te denken met de indeling van de rode panda. Dat dr. De Jong en Alteno hierin proberen mee te denken zie ik als winst.6

Voetnoten

Kritische weging evolutie ontbreekt

Dit artikel is geschreven door drs. Rafael Benjamin, dr. Willem Binnenveld, dr. Peter Borger, dr. Herman Bos, dr. Juri van Dam, dr. ir. Hans Degens, dr. ir. Wim de Jong, Jan van Meerten, drs. Ben Vogelaar en drs. Tom Zoutewelle.

In zijn synthese van de Bijbel en evolutie gaat prof. Gijsbert van den Brink voorbij aan de wetenschappelijke bezwaren die zijn in te brengen tegen de evolutietheorie, stellen Jan van Meerten en negen wetenschappers.

In zijn boek ”En de aarde bracht voort” gaat prof. dr. Gijsbert van den Brink ervan uit dat de theorie van universele gemeenschappelijke afstamming (dat alle levensvormen afstammen van één voorouder) waarschijnlijk juist is. Hij gaat hierbij voorbij aan veel problemen waarmee deze theorie te kampen heeft. We noemen acht voorbeelden. We zijn van mening dat het onverstandig is deze theorie als uitgangspunt te gebruiken voor de theologie.

1. Ontstaan van leven

Hoewel het ontstaan van het leven strikt genomen niet tot de evolutiebiologie behoort, moet het leven toch op de een of andere manier zijn ontstaan. Zelfs de meest primitieve levensvormen blijken zo complex opgebouwd en gecodeerd dat de kans op toevallig ontstaan verwaarloosbaar klein is. Ook de meest eenvoudige levensvormen moeten systemen hebben om zich tegen de buitenwereld te beschermen, energie te gebruiken, bouwstenen te maken, zichzelf te repareren, zich te vermenigvuldigen en informatie op te slaan. Deze zes verschillende systemen zijn onderling van elkaar afhankelijk en blijven los van elkaar niet in stand. Er worden steeds meer factoren ontdekt die het steeds onwaarschijnlijker maken dat leven spontaan is ontstaan.

2. Informatie

De grote hoeveelheid informatie in het erfelijk materiaal is een kenmerk van levende wezens. In de genetica gebruikt men dan ook termen die met informatietechnologie te maken hebben. Zelfs de meest eenvoudige levensvormen hebben een genetische code (DNA) bestaande uit enkele honderdduizenden baseparen. Er zijn geen mechanismen bekend die voor volledig nieuwe erfelijke informatie kunnen zorgen, zoals bijvoorbeeld nodig is voor het ontstaan van leven of van nieuwe levensvormen. De complexiteit van de eenvoudigst denkbare genetische codes maakt het ontstaan ervan door toevalsprocessen onmogelijk. Werner Gitt, emeritus hoogleraar informatiekunde, stelt dan ook dat informatie alleen van een intelligente bron afkomstig kan zijn. De grote hoeveelheid informatie in het DNA is wellicht het meest steekhoudende argument voor ontwerp en tegen macro-evolutie.

3. Weesgenen

Weesgenen zijn genen die we alleen in één soort of een kleine groep soorten aantreffen. Verschillende groepen organismen hebben verschillende weesgenen. Het betreft unieke functionele DNA-informatie waarvoor geen evolutionaire voorgeschiedenis bedacht kan worden. Deze genen bevatten dus informatie die de scheidslijn bepaalt tussen soortgroepen, als afzonderlijke scheppingen.

4. Weinig verandering

In lagen waarvan wordt verondersteld dat ze 425 miljoen jaar oud zijn, is DNA aangetroffen van bacteriën dat identiek is aan het DNA van nu levende bacteriën. In zogenaamd pakweg duizend miljard generaties zijn deze bacteriën niet noemenswaardig veranderd. Zeer langdurige laboratoriumexperimenten met organismen die zich snel voortplanten, bevestigen dat informatie niet toeneemt en dat er geen macro-evolutie optreedt.

5. Functieloos DNA

Lange tijd werd gedacht dat een groot deel van het DNA functieloos was, het zogenaamde ”junk-DNA”. Dit werd als een bewijs voor macro-evolutie gezien. Een uitgebreid onderzoeksproject, Encode, heeft echter aangetoond dat het merendeel van dit zogenaamde junk-DNA wel degelijk een functie heeft. In het deel van het genoom dat geen coderingen voor eiwitten bevat, worden steeds meer functies ontdekt. Verder blijken de genomen niet uit virusrestanten te bestaan, maar uit genetische elementen die het genoom en de vouwing van eiwitten nauwkeurig controleren, en ook invloed hebben op welk deel van het genoom al dan niet overgeschreven en vertaald moet worden naar eiwitten. Ook fungeren ze als verspringende schakelaars die snelle aanpassingen, aan bijvoorbeeld koude of droogte, mogelijk maken, juist omdat ze programmatuur (eiwit-coderende genen) aan- en uit kunnen schakelen, of zijn ze betrokken bij het driedimensionaal vouwen van DNA. Het grootste deel van het genoom heeft dus een functie. Dat sluit aan bij de gedachte van een intelligent ontwerp.

6. Pseudogenen

Pseudogenen zijn genen die kapot zijn. Dat wordt veroorzaakt door mutaties. Die zijn prima te verklaren met een degeneratiemodel. Als prof. Van den Brink aangeeft dat het voor hem een bewijs van gemeenschappelijke afstamming is dat mensen een kapot gen voor het maken van vitamine C hebben, negeert hij de voor de hand liggende optie dat Adam en Eva oorspronkelijk een intact gen hadden, maar dat dit nadien kapot is gegaan.

7. Reparatiesystemen

Binnen de evolutietheorie wordt gedacht dat mutaties van het DNA de motor kunnen zijn voor verbetering en innovatie. Een dergelijke motor is echter schadelijk. Mutaties van het DNA van lichaamscellen veroorzaken tumoren en in de geslachtslijn leiden ze tot erfelijke ziekten en ernstig selectief nadeel. Gelukkig worden de duizenden mutaties die dagelijks optreden in het DNA van elke cel voortdurend gerepareerd door mutatiereparatiesystemen. Zulke reparatiesystemen kunnen niet tot stand zijn gekomen via mutaties.

8. De uitzonderlijke mens

Voor evolutionisten is de overeenkomst tussen mens en chimpansee een argument voor universele gemeenschappelijke afstamming. Als we echter op de verschillen letten, dan bestaat er een grote kloof tussen aap en mens. Dan bedoelen we niet alleen anatomische of genetische verschillen. De mens is drager van Gods beeld, heeft een ziel en daarnaast een uniek spraak- en denkvermogen, een creatief scheppend vermogen, religieus besef, een gevoel voor en een waardering van schoonheid en moreel besef van goed en kwaad. Deze lijst is met honderden voorbeelden uit te breiden. Hoe kunnen die door evolutionaire processen zijn ontstaan?

Ten slotte, in zijn boek zoekt prof. Van den Brink naar consonantie tussen evolutie en orthodoxie. Hij doet dat op diepgravende wijze. Maar de redenen waardoor hij de evolutietheorie als waarschijnlijke ontstaanshistorie beschouwt, zijn uiterst pover; in zijn beschrijving van het creationistisch gedachtegoed is hij vooringenomen, terwijl een kritische noot met betrekking tot het wetenschappelijk gehalte van de evolutietheorie ontbreekt.

Dit artikel is met toestemming van de hoofdauteur overgenomen uit het Reformatorisch Dagblad. De volledige bronvermelding luidt: Meerten, J.W. van, Benjamin, R., Binnenveld, W., Borger, P., Bos, H., Dam, J. van, Degens, H., Jong, W.M. de, Vogelaar, B.N., Zoutwelle, A., 2017, Kritische weging evolutie ontbreekt, Reformatorisch Dagblad Puntkomma 47 (91): 8-9 (artikel).

Evolutionists on Panda’s Thumb Attack Well-Respected Science Journal

In April 2021 my paper describing the genomic characterization and taxonomic placement of the red panda (Ailurus fulgens) was published in the scientific journal BMC Genomics after almost a year of review. The red panda is a unique animal, hard to classify based on its morphological characteristics. Some have classified it as a cat, some as a relative of small carnivorous animals, such as minks or weasels, yet others claim that it is a relative of the giant panda, Ailuropoda melanoleuca. Similar to the duck-billed platypus, biologists do not know where to put this animal, all the while thumbing its nose at them. Molecular characterization of this species based on small sets of genes also did not fare any better, and evolutionists contradicted one another again in further attempts to classify this animal.

Figure 1: “Molecular characterization of this species based on small sets of genes also did not fare any better, and evolutionists contradicted one another again in further attempts to classify this animal.” Source: Pixabay.

It is for this reason that I employed a whole genome sequence analysis algorithm that I had developed previously analyzing three groups of insects (Anopheles, Glossina, and Drosophila)1 on 28 species of carnivores (bears, cats, martens, and one species of skunk). I did this as opposed to previous studies which looked at only handfuls of mitochondrial and/or nuclear genes. My reasoning was that if we look at the whole genome, we can get a broader picture of the genetic relatedness between species. Looks can be misleading, and since genes define physical appearance, I sought to study genomic data as opposed to morphology. To illustrate the fact that evolutionists themselves cannot make heads or furry red tails of where to place the red panda, see Table 1 below to see how various evolutionist researchers tried to classify this mysterious animal.

Researcher(s) Analysis Conclusion
Peng et al.2 13 mitochondrial genes Either mustelid or mephitid
Fulton and Strobeck3 3 nuclear and 3 mitochondrial genes Related to Mephitis mephitis
Yu and Zhang4 Introns 4 and 7 of nuclear FGB gene, ND2 mitochondrial gene Sister to procyonids
Sato et al.5 5.5 Kbp segment containing 5 nuclear genes Closer to mustelids or procyonids

Table 1: Attempts by several evolutionist researchers to classify the red panda based on molecular characteristics and their conflicting results.

Perhaps this is why Panda’s Thumb took interest in my article since this animal is alleged by some to be a relative of the namesake of their website. After the paper had been published in BMC Genomics6, I adapted the results for a molecular baraminology paper, which was accepted in Creation Research Society Quarterly (CRSQ) in the fall of 20217. This meant that the secular paper had been public for over a year and a half, while the creation science paper had been available online for about a year.

Baraminology is the study of the Biblical kinds, described in Genesis 1. A kind, or using a more technical term, a ‘baramin’ is a reproductive community of organisms. Kind breeds with kind, but not with other organisms outside the kind. Humans breed only with humans, and not with chimpanzees. Horses and dogs can be bred to bring new varieties, but dogs will never interbreed with horses. An apobaramin is a group of baramins (i.e. birds, bats), whereas a monobaramin is a subset of a holobaramin (i.e. Caucasians).

Apparently, one Dr. Gerdien de Jong, an associate professor of biology at the University of Utrecht in the Netherlands, now retired, found both of my papers after a full year and wrote a critique of my work on the Panda’s Thumb titled “A tale of two papers” on December 2, 2022.8 She attacks several points in my two papers. However, she doesn’t hold back from attacking her fellow evolutionists on the editorial board of BMC Genomics, a well-respected science journal: “how did a paper as bad as this ever get through review and published?

In the following, let us examine her approach and her criticism of my paper and whether they are well-founded, or not.

Religious bias

Note, that my BMC Genomics paper underwent several rounds of review for about a year, so the review process was thorough. Therefore, the title of my response article is “Evolutionists on Panda’s Thumb Attack Well-Respected Science Journal” just to poke some fun at my opponents.

It is remarkable that when a creation scientist writes a paper dealing with origins and it is successfully published in a secular paper, it is deemed science, and no one has any problem with it. However, once it is discovered that the same work is reinterpreted to fit the creationist framework, it is then automatically rejected as unscientific. This clearly demonstrates the religious motivation of De Jong and other evolutionists when looking at the scientific evidence and reasoning presented in my papers. Had the parallel paper not been published in CRSQ, the secular version of the paper and the folks at BMC Genomics would never have been criticized.

Figure 2: “She raised several questions which had already been answered in the BMC Genomics paper.” Source: Pixabay.

Interestingly, De Jong actually emailed me on December 10, 2022, eight days after her criticism of my papers went online at the Panda’s Thumb website, asking for the supplementary material of my CRSQ paper for which there was a link in my paper. She hadn’t even fully read both of my papers, yet went ahead anyway to critique them! What is this if not a foregone conclusion on her part!? De Jong obviously cannot handle the fact that other evolutionists, such as the editorial board at BMC Genomics put their stamp of approval on my work, and are now trying to level post-hoc accusations at my work, desperately trying to pick holes in it.

Evolution is not science. It is neither observable, repeatable, nor is it testable. These are all basic characteristics of science. That is why when evolutionists like De Jong find that the scientific research that has been accepted by the evolutionary biologists who took a year to review my paper can be reinterpreted to fit the creation model, they are now up in arms and trying to tear down my work. This is not the first instance of such religious bias on the part of evolutionists. When our bioinformatics research group at the University of Nebraska-Lincoln (UNL) tried to publish its work in the journal Genome Research, the journal rejected it because one of the reviewers had searched for my name on the Internet and had found out that I was a creationist. This was because a church in town had posted my presentation critical of evolution on their website. Despite the fact that the material in our paper never dealt with anything about origins. The bias on the part of evolutionists is simply that blatant.

What is science? Is baraminology science? Is evolution science?

In the blog post on the Panda’s Thumb, the regular arguments against baraminology were rehashed, yet again. However, we can know for sure that baraminology is science, whereas evolutionary theory is not. How so? Creation science studies the handiwork of God, not God’s creating hand. As a discipline within creation science, baraminology deals with species relationships that we can see. For example, members of the cat kind can visibly breed with one another. Lions can mate with tigers, pumas with leopards, to form hybrid species. However, cats cannot breed with dogs, or with bears. Baraminologists recognize and accept the clear differences between kinds, to be so great that they cannot be explained away by random mutations.

Evolutionists have a supremely difficult task since they have to explain every single biological transition between all organismal groups. If they fail one single time, then their evolutionary tree falls apart into two unbridgeable, unrelated groups. I don’t envy them!

In other words, imagine that the evolutionary tree is one large, large holobaramin, with everything in it, from bacteria to bees to birch trees and baboons. Should we break down this holobaramin into two groups with an unbridgeable gap between them, we would have some organisms (roughly half of the entire tree) that couldn’t have evolved from anything. Evolution is that flimsy. If there is a single break in the evolutionary tree, the whole theory falls apart.

Baraminologists simply take organisms at face value and recognize that there are distinct groups of species within nature that are separated from all other groups. We simply let the chips fall where they may. This is science.

Interestingly, Carl Linnaeus (1710 – 1778), “the father of modern taxonomy” believed in special creation; he lived before Darwin’s theory was formulated almost a hundred years later. Science, including the study of taxonomy, did not begin with Darwin.

On the other hand, since evolutionists believe that nature is everything, and there is no God, then all species must be interrelated, because all life evolved from non-life without any external intervention. Evolutionists are thereby forced not only to presuppose that all organisms are related to one another in the chain of evolution, but also that organisms evolved in the distant, unobservable past. This is not science.

While it is true that the exact, precise boundary of the kind is not clear, this does not discredit baraminology. Why? Neither is the definition of what a species is any clearer. Dozens of scientists have defined what a species is based on different biological aspects, such as morphology, proteomics, genetics, or ecology. Taxonomy is a science that is in constant flux. The taxonomy of fungi, for example, changes annually. Species get split up, lumped together, and reclassified on a regular basis. Evolutionists such as De Jong should first pull the beam out of their own eyes before attempting to remove the speck of dust in the baraminologists’ eyes!

Figure 3: “So what really is the red panda?” Source: Pixabay.

So what really is the red panda?

All this being said, let us now turn to the issues that De Jong raised in her blog post criticizing my work. These critical points will be discussed one by one:

1. The red panda and the marten family (Mustelidae) are sister groups. Ailurus fulgens is not a member of Mustelidae.

“The clustering can be regarded as evidence that the red panda and the marten family are monophyletic sister groups, but not that the red panda belongs to the marten family. The red panda has a lower mean correlation with the marten species than the mean correlation of the marten species amongst each other, showing a clear distance between panda and martens. This difference is significant (P < 1.4 x 10-6) but Cserhati writes ‘This difference is not too significant’, and he decides to ignore it. In his heat map of the correlation matrix the difference between red panda and marten species is clearly visible: left figure on top, lighter is higher correlation, and the red panda gives the top right ‘Finnish flag’ pattern.”

There are several things that should be mentioned here.9 First of all, De Jong is overplaying the distance between the red panda and the martens. It is true that the red panda has a mean correlation value of 0.89 with the mustelids, whereas the mean correlation among mustelids is 0.95±0.04. However, we have to realize that the red panda is an isolated species (it lives in the Himalayas), and thus may have diverged from all of the other mustelids, should it indeed be a mustelid. The 0.89 correlation value of the red panda is within two z-scores of the mean correlation of mustelids. Therefore, even though it is an outlier, it is not an extreme outlier.

Interestingly, De Jong either did not read the entire BMC Genomics paper, or she chose to ignore the correlation results for the black-footed cat (Felis nigripes). This species also shows a “Finnish-flag” type pattern in the lower left of figure 1 of my BMC Genomics paper (see Figure 4). The black-footed cat is a well-known, undisputed member of the family Felidae, yet, as I show in my paper, the mean correlation value of this species is also 0.89 compared to the other cats, yet the mean correlation of cats among themselves is 0.97±0.03, an even larger difference when comparing the red panda with martens, even falling outside the two z-score range. Thus, it follows that if the black-footed cat unequivocally falls within the cat family, despite larger correlation differences, it is still possible that the red panda could be a member of the marten family.

Here we have a contradiction between some statistical measurements (correlation values and a p-value), and biological reality. Note that whereas p-values may be useful in assisting scientists in making inferences, they are only guidelines, and when biological reality says otherwise, we must choose biology over statistics. Thus the p-value of 1.4 x 10^-6 does not necessarily indicate that the red panda is not a marten.

Figure 4: Heat map (figure 1 from the BMC Genomics paper) showing genomic correlation between 28 species of carnivores (cats, bears, martens, skunk and the red panda, brighter colors mean higher correlation).

2. In the mtDNA study there is no outgroup, why was one not included?

Many phylogenetic and also baraminology studies include either outgroup species or groups to compare the group under study to a species or group of species that are known to be unrelated to the group under study. However, in this case, since, as even De Jong asserts that the groups that I used (bears, cats, and martens) follow the “traditional classification” (both according to evolution as well as creation), the use of an outgroup may be superfluous. De Jong wishes to impose her evolutionary view of classification on the species examined in this study, looking for an outlier species more basal or primitive than the species in the study. However, in baraminology, the game is played differently. I chose those groups (bears, cats, raccoons, martens, skunks) because these were the groups that most researchers claimed they were the closest to the red panda. This meant that I was trying to classify the red panda as either of these baramins, or possibly classify the red panda into its own baramin. In a sense, these various groups could be viewed as outgroups of one another.

Classifying a species into its own baramin is not without precedent. In a previous work of mine, I classified the tuatara (Sphenodon punctatus), a unique species of reptile into its own baramin10. The same might be the case here as well, there is nothing that says otherwise. In creation science, we hold to our theories loosely but we hold to Scripture tightly. The evolutionists at Panda’s Thumb also pointed out the fact that Lightner11 puts the red panda into its own baramin. However, she did not include an analysis of any mitochondrial or nuclear sequences, thus even though I respect Lightner’s work, I would rather rely on my own more detailed analysis.

3. The discordance between the mitochondrial DNA results and the genome shows that baraminology is useless.

If that is so, then all previous evolutionary attempts to classify the red panda based on molecular evidence are also worthless. These were listed in the Introduction in Table 1. These conflicting results stem from evolutionists’ usage of small gene sets to compare the red panda genome to other carnivores. It is precisely for this reason that I used the Whole Genome K-mer Signature algorithm, which compares the distribution of short k-mers between species. These k-mers are short stretches of DNA k bases long, where in my study k was set to 8 to study octamers. This is very much akin to measuring the similarity of the vocabulary of literary works. Works on architecture use different vocabulary words compared to books on fishing, which are also different from books on baking or astronomy. These literary genres correspond to the created kinds of Genesis.

Figure 2 (see figure 5 below in this article) in the BMC Genomics paper showing the result of my mitochondrial DNA analysis shows that the red panda indeed may belong to its own clade/kind. However, the mitochondrial DNA is less than a hundredth of a percent of the size of the whole genome. Not to mention basing trees on single genes, such as my analysis of cytochrome-b in the CRSQ version of the study. While it may be useful for preliminary results, analyzing the whole genome is a much more holistic approach, allowing more solid conclusions to be drawn.

Figure 5: Heat map (figure 2 from the BMC Genomics paper) showing sequence similarity of the mitochondrial DNA between 52 species of carnivores (cats, bears, martens, skunks, racoons, and the red panda, brighter colors mean higher correlation).

Evolutionists themselves well know that phylogenies that are drawn up on the multiple alignments of individual genes often contradict one another. That is why some phylogenetic studies involve concatenating several gene sequences together to balance out these differences. My study just took this approach a step further and analyzed the whole genome sequence.

Some people (such as some of the commenters at the Panda’s Thumb) may question using a k-mer approach to analyzing DNA sequences, but this was already covered in my BMC Genomics paper. Apparently, my opponents had done a messy job reading my paper and skimmed over this. Aligning whole genome sequences with one another is a possibility, but it is not yet feasible. If short 75–200 bp Next-Generation Sequencing reads can be used to classify organisms, such as in the kraken algorithm, then why not the whole genome? The whole genome represents a much larger search space in which to measure the distribution of short signal k-mer sequences. My algorithm has also been used by other researchers in their work, such as Vanaja and Yella.12 Furthermore, other k-mer-based algorithms, such as kraken13, the Naïve Bayes Classifier (NBC)14, and PhymmBL.15

4. Baraminology is a fictional construct, and there is nothing real behind it.

According to De Jong, “Baraminology has as yet just reproduced evolutionary taxonomy: therefore, it is a waste of time. The idea that statistical clusters represent groups that are separated biologically is just a superstition.” [slightly edited for better reading]. Furthermore, “The clusters found highly depend on the input, and that is why no baraminological method represents biology.”

This is nothing of the kind, pun most definitely intended. Baraminology does not reproduce evolutionary taxonomy, I do understand where De Jong is getting this idea from. Of course, within an individual baramin species are related to one another (for example, all humans are interrelated). That is because Genesis 1:11, 12, 21, 24, and 25 declare that kinds form reproductive communities. There is continuity within a kind. But that is where relatedness all stops.

As mentioned earlier, baraminology takes observable species relationships at face value and lets the chips fall where they may, baraminologists do not religiously superimpose an evolutionary narrative that forces all kinds to be interrelated with one another when they clearly aren’t. That is why the evolutionary tree fails, and the only question is how to properly classify organisms into different kinds. Biology is messy, and mutations have accumulated ever since the Fall, so this may make things difficult. Nobody ever said science is easy, and we may need to go around several times to get the proper classification of a given species into its corresponding baramin.

De Jong references one of my previous works analyzing statistical baraminology methods16 where the BDIST algorithm (an online software that runs morphology-based baraminology analysis) was shown to find several baramins within several species of dogs. This is understandable and an artifact of using the method. Setting the taxonomic level of a baraminology analysis too low will produce meaningless results.

In one of my previous works on baraminology, we analyzed mitochondrial DNA data in humans, cats, dogs, horses, and bats, and found that dogs are a separate baramin compared to all of these other groups17.

This is why baraminologists sometimes apply a process called successive approximation. This involves a simultaneous bottom-up and top-down approach to analyzing the data. The baraminologist may try first to start with a group, which is likely to be comprised of multiple baramins (the apobaramin), such as bats, turtles, or birds. The baraminologist then drills down, trying to find individual baramins within this group. Secondly, the baraminologist may also start out from individual species or very small groups (called monobaramins), and cluster them together to find holobaramins. Where the two procedures meet is very likely to be the holobaramin. See figure 6 below:

Figure 6. The process of successive approximation. A. Starting from a larger group of species (the apobaramin) we drill down to find the holobaramin. B. Starting from individual monobaramins, we use clustering to approximate the holobaramin. When both processes meet we have the holobaramin.

In general, when analyzing a set of species, a high degree of similarity is to be expected (be it morphological similarity, genetic relatedness or correlation values, etc.) when we are examining species from within the same baramin. However, when we compare two species from two separate baramins, there is a sharp drop in the level of similarity. This is the external surface of the holobaramin, the point where the expanding monobaramin meets the shrinking apobaramin. At this point, we should measure discontinuity between separate holobaramins. In my molecular baraminology work, this can be summed up by a statistical measure called the p-value. This measures whether within-baramin similarity values and between-baramin similarity values are statistically significant.

The fact that clustering highly depends on the input is understood. This is true for both baraminology methods and also evolution-based phylogenetic methods. For example, when constructing phylogenetic trees for different families of cell cycle genes in rice we had to build the phylogenetic tree based on a multiple alignment of proteins from a given protein family. We would then trim the ends off of the alignment in order to use the truncated part of the alignment that actually produced a strong phylogenetic signal18. Evolution in, evolution out.

Humans and chimpanzees share some traits. We have hair, fingernails, and a lengthy gestation period. This would put humans and chimpanzees into the same baramin. Humans and chimpanzees are much more complex than these three traits, and so that is why comparisons must be as holistic as possible.

Conclusion

Baraminology is science. Science did not start with Darwin and to exclude non-Darwinian models of origins is sheer arrogance. Baraminology simply accepts major discontinuity between species at face value and accepts them as they are. Evolutionists have to impose an all-encompassing tree on all of life, without ever having observed past confluence of species. Thus, it is not science.

My paper withstood a year’s worth of review in BMC Genomics and was accepted as publication-worthy science by its editorial staff. Thus, professional evolutionists state that my work is respectful science. Alas, other evolutionists, such as De Jong do not agree, not because of the science in my papers, but rather because of her evolutionary presuppositions. Thus, she feels motivated to take down something which deems a religious heresy.

De Jong apparently has a long history of blatantly trying to censor opposing viewpoints. In 2006, she criticized Dr. Maciej Giertych, a Polish population geneticist, merely for being critical of evolutionary theory in a simple eleven-sentence opinion letter to Nature in 200619.

De Jong obviously wrote her article on Panda’s Thumb without having fully reviewed my work in BMC Genomics and CRSQ. She raised several questions which had already been answered in the BMC Genomics paper. Thus, it is painfully obvious that her work is a foregone conclusion, guided by her religious presuppositions and not the actual data.

I have answered the criticisms of De Jong in this article. I applied a whole genome algorithm to genetic data from several families of carnivores to facilitate the classification of the red panda. This is an innovative approach compared to previous methods which analyzed only handfuls of genes. Based on my analysis the red panda could well belong to the family of martens. Though the red panda may be a distant member of this group, being isolated in the Himalayas, the distance is smaller compared to the black-footed cat and other cats.

Red.: For two Dutch articles on the red panda and Cserhati’s research see: https://oorsprong.info/de-lichte-steekjes-van-dr-gerdien-de-jong-op-pandas-thumb-artikel-op-oorsprong-en-onderliggende-bronnen-bekritiseerd/ and https://oorsprong.info/wetenschapper-lost-creationistisch-biosystematisch-raadsel-van-de-rode-panda-ailurus-fulgens-op/.

References

Trees of life: do they exist? – Inaugurele rede van dr. Richard Buggs aan de ‘Queen Mary University of London’

Op 16 november 2022 sprak de plantengeneticus dr. Richard Buggs zijn inaugurele rede uit aan de Queen Mary University of London’. Helaas is de lezing niet Nederlands ondertiteld, maar wel met Engelse ondertiteling te volgen. De samenvatting op het YouTube-kanaal luidt: ‘“Trees of life” are discussed in three senses: (1) Tall woody plants; (2) The Darwinian tree of life; (3) The Biblical tree of life. As QMUL’s Professor of Evolutionary Genomics, Richard Buggs compares the evidence for these trees of life. He reflects on life as a biologist and a Christian, and on religious and ethnic inclusion at the Russell Group’s most diverse University.‘ Met dank aan de universiteit voor de opname van deze inaugurele rede.

Feedback & Vragen 2022: Commentaar op de presentatie van dr. Peter Borger – Wel of geen ‘big surprise’?

Vorige maand werd het congres ‘Bijbel & Wetenschap’ georganiseerd. Op dit congres sprak moleculair bioloog dr. Peter Borger. Zijn lezing had als titel: ‘Terug naar de oorsprong: over baranomen en soortvorming’. In deze lezing haalde Borger onderzoek naar de zandraket (A. thaliana) aan en het citaat ‘a big surprise’. Op de manier van aanhalen kwam via Twitter kritiek. Hieronder een reactie op de kritiek.1

Onderzoek naar het genoom van de zandraket (Arabidopsis thaliana) zorgt voor verrassende resultaten én een discussie via Twitter. Bron: Wikipedia.

De kritiek van drs. Bart Klink2 :

“Peter Borger heeft het vanaf ca. 25 minuten over onderzoek naar de zandraket en claimt de auteurs te citeren dat hun bevindingen ‘a big surprise!’ waren. Ik kan dat citaat alleen niet vinden in het artikel (…). Hoe zit dat Peter?”

Peter Borger gaf aan dat je dergelijke uitspraken nooit kunt vinden in het wetenschappelijk artikel. Hij gaf de referentie van het citaat echter niet, maar maande Bart Klink om verder te zoeken.

Drs. Bart Klink3:

“Een citaat is een letterlijke tekst uit je bron. Waarom staat die er niet in, zoals je claimt op je slide?”

En verder4:

“Ik wil erop kunnen vertrouwen dat als jij een onderzoek aanhaalt, dat daarin ook daadwerkelijk staat wat jij claimt dat erin staat. Dat is hier dus niet het geval. Wat vind jij van deze omgang met literatuur Jan van Meerten?”

In reactie hierop gaf ik aan dat ik niet bekend ben met het onderzoek naar de zandraket noch met alle interviews die de auteurs gedaan hebben naar aanleiding van dat onderzoek. Daarom kan ik er dus niets zinnigs over zeggen. Maar ik gaf aan de auteurs wel te kunnen mailen of het inderdaad ‘a big surprise’ was. Maar dat ik niet bij voorbaat in het beklaagdenbankje wil gaan zitten. Heb de auteurs uiteindelijk niet gemaild want, zo gaf ik aan, vind ik de vraag of de auteurs dit ‘a big surprise’ vinden niet zo spannend.

Repliek

De vraag bleef mij echter bezighouden en daarom heb ik kort verdiept in de herkomst van het citaat. Hieronder mijn reactie op de reactie van drs. Bart Klink. Op het congres gaf dr. Peter Borger twee voorbeelden van polyvalentie, namelijk verlies of verdubbeling van DNA. Het eerste voorbeeld was die van de zandraket (Arabidopsis thaliana). Borger gaf in de dia aan dat genetische analyse aantoonde dat elk tiende gen redundant is en verloren mag gaan. Daarmee was de voorouder van deze soorten genetisch veel rijker en complexer, niet eenvoudiger! Borger geeft op de dia in citaatvorm ‘A big surprise!’ weer. Bron voor de dia is een paper van Clark et al. in Science.5 Bart Klink doet voorkomen alsof de referentie naar de wetenschappelijke paper óók de bron is voor ‘a big surprise’. Hij is gaan zoeken op het citaat in de originele paper en vond dat niet. Dat klopt, het citaat staat ook niet in het Science-paper. Dit is conform wat Peter Borger via Twitter liet weten. Ik zie de referentie overigens ook meer als bron van de dia dan als bron van het citaat.

Dezelfde tekst kwam ik elders via Twitter op een andere dia van Borger tegen over deze zandraket.6 Hier stond nog een extra bron toegevoegd. Het is een link naar Phys.org. Het artikel draagt de titel ‘One species, many genomes’. In dit artikel vinden we de strekking van het citaat terug. Medeonderzoeker dr. Detlef Weigler geeft in het artikel het volgende aan: “That even in a minimal genome every tenth gene is dispensable, has been a great surprise.” Het artikel meldt daarnaast dat het ‘is surprising that Arabidopsis has such a plastic genome’ en ‘the results were surprising’.7 Een ander artikel op Phys.org met als titel ‘Charting ever-changing genomes’. We vinden daar wel het woord ‘surprising’ terug. Het is opnieuw dr. Weigel die via dit artikel het volgende aangeeft: “We found that one out of 10 genes is very different. This plasticity is truly surprising for a genome that’s very streamlined and unlike bigger genomes doesn’t contain a lot of junk DNA.”8 Via Google zocht ik verder naar het originele citaat. Ik kwam erachter dat Arabidopsis zelfs een eigen website heeft (TAIR). TAIR staat voor The Arabidopsis Information Resource. Onder het artikel ‘Policy Statement on Arabidopsis thaliana Reference Sequence’ is een reactie van dezelfde dr. Weigel te vinden. Op 25 november 2008 schrijft dr. Weigel: “While whole-genome sequencing of EMS mutants to identify causal mutations does work (we are three for three so far), a big surprise has been the number of mutations, either spontaneous or left over from previous rounds of mutagenesis. Starting with a single individual of CS70000 would be a good strategy for any mutant screen, but even then, be aware that individual, not mutagenized lines will undoubtedly have mutations that distinguish them from the canonical CS70000 sequence, which will be the average from many individuals.9

A great surprise’, ‘a big surprise’ en ‘surprising’ geeft de strekking van het citaat en het letterlijke citaat. De uitkomsten bleken voor de onderzoekers verrassend. Interessant? Nee, eigenlijk niet. Relevant? Nee, eigenlijk ook niet. In spreekwoordenland zou ik dit ‘spijkers op laag water zoeken’ noemen. Allereerst geeft dr. Borger in zijn dia niet aan dat het citaat ook uit het originele paper komt. Ten tweede komt het citaat of de strekking van het citaat verschillende malen voor in de populair-wetenschappelijke artikelen over het onderzoek. Ten derde is het voor mij niet zo interessant of een auteur de uitkomst wel of geen ‘big surprise’ vindt. Het onderzoek naar de zandraket (Arabidopsis thaliana) is daarentegen wel interessant en met dank aan dr. Borger weet ik er weer wat meer van.

Voetnoten

Snelle soortvorming met bioloog dr. John A. Davison – Bespreking van ‘An Evolutionary Manifesto’

In 2000 schreef de bioloog dr. John A. Davison een document, waarin hij uitlegt hoe soorten razendsnel kunnen ontstaan.1 Zijn betoog kan worden gezien als onderbouwing van de hypothese hoe na de zondvloed onder de dinosauriërs in korte tijd veel nieuwe soorten opdoemden. Hieronder volgt een opsomming van enkele hoofdpunten uit Davisons relaas.2

Deze wetenschapper verwerpt het neodarwinisme. Langzame accumulatie van blinde, toevallige puntmutaties in genen leveren volgens hem geen nieuwe soorten op. Hooguit leiden puntmutaties tot subspecies, dat zijn gespecialiseerde variaties binnen een bestaande soort, bijvoorbeeld verschillende hondenrassen. Davison beschouwt degelijke ontwikkelingen echter als evolutionaire doodlopende stegen.

De motor achter soortvorming

Volgens Davison zijn veranderingen in de structuur, het arrangement van de chromosomen, tijdens de eerste fase van de meiose (het celdelingsproces waarbij de geslachtscellen ontstaan) de motor achter soortvorming. Tijdens de eerste fase van de meiose komen chromosomen van de vader en de moeder naast en om elkaar te liggen. Daarbij kunnen zogenaamde inversies, duplicaties, deficiënties en crossing-overs plaatsvinden. Door dit soort positiewisselingen en recombinatie van stukken van chromosomen tussen de vader en moeder chromosomen ontstaat een nieuw karyotype (een nieuwe chromosomenstructuur) in een individueel organisme. Als dat tot expressie komt vormt zich een organisme met nieuwe eigenschappen en als dat zich weet voort te planten ontstaat een nieuwe soort. Deze soortvorming zal zich vooral in kleine populaties voordoen.

Kortom: nieuwe soorten ontstaan, volgens Davison, door chromosomale herschikking. Het ontstaan van gespecialiseerde subspecies (rassen) is vooral het gevolg van puntmutaties en expressie-veranderingen van genen.

Saltatie

Davison benadrukt dat een nieuwe soort niet geleidelijk ontstaat, maar altijd plotseling; het gaat om soortvorming à la minute, doordat de ‘reshuffling’ van de chromosomen in ‘no time’ tijdens de eerste fase van de meiose plaatsvindt. Soortvorming voltrekt zich dus niet volgens het recept van Darwin in slakkentempo, maar eerder met de snelheid van het licht.3 Dit abrupte opdoemen van een nieuwe soort verklaart waarom de levensvormen discontinu zijn: je ziet nergens geleidelijke overgangsvormen tussen soorten, ook niet in het fossielenarchief. Soortvorming gebeurt in sprongen.

Doordat nieuwe soorten opeens, in één stap, verschijnen, door een nieuw arrangement van chromosomen, is het ontstaan van nieuwe soorten ook een onomkeerbaar proces: je kunt de chromosomale herschikkingen niet terugdraaien. Verder constateert Davison dat het ontstaan van nieuwe soorten vanaf het Vroege Tertiair (Eoceen) zo’n beetje is beëindigd, enkele uitzonderingen daargelaten. Aan de mogelijkheid tot nieuwe chromosomale arrangementen zit klaarblijkelijk een grens of ze is aan bepaalde condities gebonden. Wel blijft via genexpressie en puntmutaties nog de ontwikkeling van subspecies mogelijk.

Het ontstaan van nieuwe soorten door chromosomale ‘reshuffling’ impliceert dat alle informatie voor het ontstaan van een nieuwe soort al in het genoom, het geheel van chromosomen, van een basistype aanwezig moet zijn. Het is alleen wachten op het moment dat de chromosomale herschikking opeens een nieuwe soort, met meerdere nieuwe kenmerken, oplevert.

Waarschijnlijk speelt bij de initiatie van chromosomale herschikking de externe factor van milieuprikkels een activerende rol. Milieu- of predatiestress stimuleert mogelijk het ontstaan van nieuwe chromosomale arrangementen. Daarom doet zich in tijden van extreme ecologische veranderingen een explosieve soortvorming voor, b.v. onder de dinosauriërs na de zondvloed.

Dinosauriërs

Davison werkt dit voorbeeld van de ontwikkeling van de dinosauriërs in het Mesozoïcum uit aan de hand van wat Otto Schindewolf hierover heeft geschreven. Deze Duitse paleontoloog typeert deze ontwikkeling met drie termen4:

  1. Typogenese: het opeens aan het eind van het Trias in de aardlagen verschijnen van kleine basistypen van dinosauriërs. Binnen het creationistische rekolonisatiemodel, waarbij de aardlagen vanaf het Perm het einde van de zondvloedafzettingen markeren, zou dit verschijnen van deze basistypen het vrijkomen van deze dieren uit de Ark weergeven.5
  2. Typostasis: de diversificatie van de basistypen in verschillende soorten. Zo vormen zich uit de basistypen verschillende soortenzwermen van dinosauriërs. Het optreden van een serie parallelle veranderingen in de chromosomale structuur van de dino-basistypen zou hiervan de oorzaak zijn.
  3. Typolysis: het ontstaan van gigantisme en overspecialisatie onder de dinosauriërs waardoor zich binnen deze dieren extreme en bizarre lichaamsvormen ontwikkelen; die zijn deels het gevolg van nieuwe chromosomale arrangementen en deels het resultaat van puntmutaties of gedifferentieerde genexpressie.

Davison benadrukt dat het hier steeds gaat om de expressie van informatie die al in de genomen van de verschillende basistypen van de dinosauriërs lag opgeslagen. Door omgevingsprikkels, die tot chromosomale ‘reshuffling’ leiden, worden deze in het genoom verborgen mogelijkheden geactiveerd. Het lijkt er sterk op dat juist ná de zondvloed deze pulsen van soortvorming zich hebben afgespeeld. Eerst onder dinosauriërs, ammonieten, foraminiferen, mosasauriërs, ichthyosauriërs, plesiosauriërs enz. in het Mesozoïcum en daarna in het Tertiair, toen er op aarde zich weer compleet nieuwe ecologische condities manifesteerden, ook onder zoogdieren, zoals paarden, walvissen, neushoorns en specifiek Titanotheres. Het verschijnen van de Australische buideldieren in het Tertiair hoort ook in dit rijtje thuis.6

Grote Ontwerper

Davison geeft nog aan dat al die informatie in de genomen van basistypen, waardoor de postzondvloed pulsen van soortvorming mogelijk waren, niet door blind toeval kan zijn ontstaan, maar moet zijn ontworpen. Toeval bouwt geen hoogst complexe informatie op, alleen ontwerp doet dat.

Zo komt hij uiteindelijk uit bij een Grote Ontwerper: God, die in zijn schepping ‘niet dobbelt’ en het toeval het werk laat doen, maar die bewust en actief ontwerpt. Op basis van al deze inzichten concludeert Davison: “Every aspect of both the living and nonliving world is totally at odds with an atheist and agnostic position“.

Voetnoten

Congres over ‘Bijbel & Wetenschap’ 2022 – 6. dr. Peter Borger – Terug naar de oorsprong: over baranomen en soortvorming

Op 22 oktober 2022 organiseerden Fundamentum, Geloofstoerusting en Logos Instituut een congres over ‘Bijbel & Wetenschap’.1 Moleculair bioloog dr. Peter Borger gaf een lezing met als titel ‘Terug naar de oorsprong: over baranomen en soortvorming’. Veel zegen bij het kijken en luisteren! Vragen kunnen gesteld worden via het contactformulier: https://oorsprong.info/contact/.

Voetnoten

Wetenschapper lost (creationistisch) biosystematisch raadsel van de rode panda (Ailurus fulgens) op

De rode panda (Ailurus fulgens) in Ouwehands Dierenpark is mijn favoriet.1 Niet alleen vanwege zijn uiterlijk, maar ook omdat zijn biosystematische indeling een groot raadsel is. De rode panda past bij de gedachte van Gods schepping als mozaïek. Elke keer wanneer we de rode panda in een dierentuin tegenkomen, verbazen en verwonderen we ons over de complexiteit en schoonheid van Gods schepping. De baraminologische ‘grenzen’ zijn, zeker na de zondeval, voor het menselijk verstand diffuus en in veel gevallen onnavolgbaar. Tot welk baramin behoort de rode panda? We weten het niet. Nu lijkt creationistische wetenschapper bioinformaticus dr. Matyas Cserhati2 tot een oplossing van dit raadsel te zijn gekomen.

Moeite met indelen

Overigens hebben niet alleen creationisten moeite met de indeling van de rode panda. Ook naturalisten weten niet goed waar het beest ingedeeld moet worden. Behoort het beest tot de beren (Ursidae), de kleine beren (Procyonidae) of de stinkdieren (Mephitidae)? Dankzij een onderzoeksfonds van de Creation Research Society kon, de van oorsprong Hongaarse, dr. Cserhati onderzoek doen naar het genoom van de rode panda. Hij publiceerde de resultaten van zijn onderzoek zowel in BMC Genomics als in Creation Research Society Quarterly.3 Hieronder vatten we de conclusies uit het onderzoek kort samen. Voor details verwijs ik u graag naar de originele wetenschappelijke publicaties.

De rode panda (Ailurus fulgens) leeft oorspronkelijk in India, Nepal en China. Volgens sommige wetenschappers is het beest vanwege diverse uiterlijke kenmerken verwant aan de reuzenpanda (Ailuropoda melanoleuca). Bijvoorbeeld zijn bijna exclusieve dieet van bamboe en een vergroot sesambeen4 dat ze gebruiken om de bamboe te kunnen nuttigen. Nieuw genetisch onderzoek laat zien dat er twee soorten rode panda’s zijn: de Himalayaanse rode panda (Ailurus fulgens) en de Chineese rode panda (Ailurus styani). Verschillende wetenschappers komen juist tot een andere indeling. De indeling bij de kleine beren (Procyonidae) bijvoorbeeld, is gebaseerd op immunologische data en data verkregen uit DNA-DNA-hybridisatie. Maar er zijn weer andere studies die de rode panda weer bij een andere groep plaatsen. Dr. Cserhati bestudeerde al deze resultaten en deed daarna eigen onderzoek naar de indeling van de rode panda. Hij komt op basis van uitgebreid genetisch onderzoek tot een andere conclusie.

Indeling

Recent is er een algoritme ontwikkeld dat op het hele genoom is gebaseerd. Deze zogenoemde ‘Whole Genome K-mer Signature’ werd door Cserhati gebruikt om de genomen van 28 soorten uit de orde Carnivora te analyseren, waaronder het genoom van de rode panda. De resultaten van deze studie laten zien dat de rode panda behoort tot de marterachtige (Mustelidae). De rode panda clustert niet met de westelijk gevlekte skunk (Spilogale gracilis), maar ook niet met de reuzenpanda. De reuzenpanda clustert wel met de beren (Ursidae). Dit laatste komt voor creationisten niet als een verrassing, omdat creationisten als sinds mensenheugenis de reuzenpanda indelen bij de beren. Cserhati blijft voorzichtig: “De belangrijkste conclusie die we uit dit onderzoek kunnen trekken is, dat op het niveau van het volledige genoom, A. fulgens behoort tot de clade van de marterachtigen, en niet tot die van de beren of stinkdieren. Dit ondanks het feit dat eerder sommige onderzoekers A. fulgens en A. melanoleuca classificeerden als verwanten. Aangezien het genotype bepalend is voor het fenotype heeft deze moleculaire classificatie voorrang op morfologische classificaties.

Voorzichtigheid geboden

Die voorzichtigheid is nodig omdat niet al het onderzoek wijst naar de richting van deze conclusie. Cserhati deed namelijk ook baraminologisch onderzoek naar de rode panda op basis van mitochondriaal DNA en op basis van het cytochroom-b-eiwit. Op basis van een analyse van het mitochondriaal DNA blijkt echter dat de rode panda discontinu clustert met de marterachtigen, maar ook met de alle andere groepen. Maar als de sequentie-identiteit van het cytochroom-b-eiwit wordt bestudeerd dan blijkt dat de rode panda opnieuw continuïteit met de marterachtigen laat zien en discontinuïteit met de beren. De stinkdieren vertonen dan overigens ook discontinuïteit met de marterachtigen. Het verschil, tussen de analyse op basis van het hele genoom én die op basis van mitochondriaal DNA, kan volgens Cserhati te wijten zijn aan nucleo-mitochondriale discordantie. Volgens de geleerde is dat een veel voorkomend fenomeen. Cserhati is ook in CRSQ voorzichtig: “Op basis van deze resultaten is het waarschijnlijk dat de rode panda tot het holobaramin van de marterachtigen behoort.” Hij roept op tot, zowel morfologisch als moleculair, baraminologisch vervolgonderzoek.

Ten slotte

Wat mij betreft is dit dé manier van creationistisch onderzoek doen. Allereerst een fonds verkrijgen om een detailstudie binnen het scheppingsparadigma te doen. Daarna de resultaten publiceren in een standaard naturalistisch-wetenschappelijk tijdschrift. Vervolgens de resultaten verder uitwerken in een creationistisch-wetenschappelijk tijdschrift. Ten slotte dit werk (laten) populariseren voor de leken. Dergelijk onderzoek binnen het scheppingsparadigma is veel beter dan het ‘evolutiegebash’ van sommige creationisten. Waarom is dat beter? Allereerst krijgt onze Schepper dan de eer van Zijn scheppingswerk. Zijn Woord (de Bijbel) en de werken Zijner handen (de werkelijkheid) kunnen niet met elkaar in tegenspraak zijn. Ten tweede zouden we onze (naturalistische) naaste ervoor kunnen winnen om óók in verwondering aan de voeten van onze Schepper neer te vallen. Is het leveren van kritiek op Universele Gemeenschappelijke Afstamming niet nodig? Dat is het zeker, maar het kan en mag nooit de hoofdmoot van creationisten zijn. We leven hier op aarde namelijk niet om de naturalist de oren te wassen, maar tot Gods eer en verheerlijking van Zijn naam. Vaak zorgt ‘een met gestrekt been erin’ voor verdere verwijdering van de (naturalistische) naaste. Dr. Matyas Cserhati heeft ons laten zien hoe het anders kan!

Voetnoten

Hebben chimpansee en mens een gemeenschappelijke voorouder? – Dr. Peter Borger sprak op Nederlands congres d.d. 26 februari 2021

Op 26 februari 2021 organiseerde ik, Jan van Meerten, namens Logos Instituut, een congres over ‘Geloof en Wetenschap’. Moleculair bioloog dr. Peter Borger sprak over de vraag of chimpansee en mens een gemeenschappelijke voorouder hebben. Deze video is, met dank aan Geloofstoerusting, gepubliceerd en hieronder te bekijken.

Neanderthaleronderzoek prijzenswaardig of een weerspiegeling van de evolutionaire tijdgeest?

De Zweedse arts en evolutiebioloog Svante Pääbo is dit jaar de hoogste eer der wetenschappen ten deel gevallen: de Nobelprijs voor Geneeskunde.1 Hij krijgt deze prijs toegekend voor zijn ontdekkingen op het gebied van de genetische samenstelling van uitgestorven mensachtigen en de menselijke evolutie (“for his discoveries concerning the genomes of extinct hominins and human evolution”). Over welke ontdekkingen gaat het eigenlijk? En wat betekenen ze voor de evolutie van de mens?

De naam Svante Pääbo komt regelmatig in de media voorbij. Dat komt omdat hij variatie (mutaties) in het DNA onderzoekt van uitgestorven dieren en mensen. Omdat hij er een evolutionistische draai aan geeft, is er in de media veel belangstelling voor zijn werk. Pääbo werd bekend met zijn onderzoek naar het DNA van de Neanderthaler. Hij toonde aan dat we tot 4% van de mutaties die we in Neanderthaler-genen aantreffen, ook in populaties van huidige mensen aantreffen.2

Wellicht de interessantste implicatie van Pääbo’s onderzoek is dat hij kon aantonen dat Neanderthalers en moderne mensen samen kinderen hebben gekregen. Volgens de gangbare definitie voor soorten behoren Neanderthalers en moderne mensen alleen al om die reden tot hetzelfde soort (Homo sapiens). Dit was een grote verrassing voor de evolutiebiologen, inclusief Svante Pääbo zelf.3 Immers Pääbo’s eigen onderzoek uit 1997 suggereerde dat de Neanderthaler was uitgestorven zonder mtDNA te hebben bijgedragen aan de moderne mens.4 Door velen werd dit geïnterpreteerd als dat we te maken hebben met twee verschillende „mensensoorten“ die niet met elkaar hadden gekruist.

Pääbo’s latere studies met het chromosomale DNA (dat moeilijker te isoleren is) toonden aan dat de moderne mens en de Neanderthaler wel degelijk samen kinderen hadden voortgebracht. Bijbelgetrouwe wetenschappers gingen er steeds vanuit dat alle levende én uitgestorven mensen van Adam en Eva afstammen. In mijn boek ‘Terug naar de Oorsprong’ (2009) schreef ik dat Neanderthalers volledig mens zijn, omdat een aantal unieke genetische kenmerken daarvoor pleitten.5 Paleontologen hadden al aangetoond dat Neanderthalers gevoel voor schoonheid hadden, hun doden begroeven en voor de zwakken in de samenleving zorgden. Pääbo’s latere DNA-data waren dus een bevestiging van de historiciteit van Genesis.

Er bestaan geen Neanderthalergenen

Pääbo krijgt de Nobelprijs natuurlijk niet omdat hij Genesis bevestigde. De prijs ontvangt hij onder andere vanwege zijn methodieken om DNA uit uitgestorven organismen te isoleren en te sequencen. Zoals hierboven vermeld, vond hij daarbij uit dat Europeanen tot 4% van het DNA zou delen met de uitgestorven Neanderthalers. In 2014 populariseerde Pääbo deze bevindingen in een boek met als titel: „Die Neandertaler und wir: meine Suche nach den Urzeit-Genen“. Met dit boek creëerde hij een mythe die tegenwoordig hardnekkig circuleert, namelijk dat er binnen verschillende populatie van mensen Neanderthaler-DNA en Neanderthalergenen zouden voorkomen. In werkelijkheid gaat het niet om genen, maar om allelen van genen. Hiermee wordt bedoeld dat een gen (of een DNA-sequentie) in verschillende populaties in verschillende verschijningsvormen kan voorkomen.

De „Neanderthaler-genen“ van Pääbo zijn beslist niet uniek, maar deze komen ook in moderne mensen voor. Wat Pääbo heeft aangetoond is dat we dezelfde allelen bij zowel de modern mensen alsook bij de Neanderthalers aantreffen. Sommigen van die allelen bleken meer of minder met ziekte en gezondheid gecorreleerd te kunnen worden.6 Last van depressie? Neanderthalergenen! Zelfs een ernstiger verloop van Covid-19 kon Pääbo met „Neanderthalergenen“ (beter is menselijke genvarianten) verklaren.7 Geen wonder dat hij de Nobelprijs voor Geneeskunde krijgt dit jaar.

DNA van moderne mens en Neanderthaler vrijwel identiek

In 2021 werd duidelijk dat de moderne mens vrijwel geen uniek DNA bezit als we duizenden sequenties vergelijken met die van Neanderthalers.8 Slechts 1,5% van de allelen van moderne mensen bleken uniek te zijn. Betekent dit dat de moderne mens voor 98,5% uit Neanderthaler bestaat? Nee, het betekent dat 98,5% van de variatie die in het genoom van de Neanderthaler voorkomt, ook elders in de populatie van moderne mensen voorkomt. En vermoedelijk loopt dit percentage nog op als men nog meer DNA-sequenties gaat includeren. Er is nauwelijks uniek DNA in moderne mensen te vinden. Als we nog meer onderzoek doen vinden we vermoedelijk alle „Neanderthalergenen“ terug.

Als er geen „Neanderthalergenen“ bestaan, wat is dan wel het verschil? Dat is een legitieme vraag! Bij het vergelijken van het totale DNA van moderne menselijke populaties ontdekte men dat er een genetisch verschil tot 12% kon worden vastgesteld. Zelfs binnen één populatie kunnen twee mensen die met elkaar kinderen krijgen meerdere procenten verschillen. Dit enorme verschil, dat kan oplopen tot vele miljoenen DNA letters, is eerder het gevolg van indelmutaties, d.w.z. mutaties waarbij grote delen van het DNA verdubbelen dan wel verdwijnen. Deze indelmutaties, die worden aangedreven door genetische mechanismen, liggen aan de basis van supersnelle aanpassingsprocessen.9

Nobelprijs

De Nobelprijs voor Geneeskunde gaat dit jaar dus eigenlijk niet naar de „evolutie van de mens“, maar naar genetische variatie die aanwezig is in (al dan niet uitgestorven) menselijke populaties. En hoe die variatie gekoppeld kan zijn aan ziektebeelden. Met „Neanderthalergenen“ heeft het niets te maken. Zover we weten bezitten Neanderthalers namelijk geen genen die we niet ook in de moderne mensen aantreffen. De genen die ons typisch menselijk maken, zoals bijvoorbeeld het FOX2P-gen dat essentieel is voor de spraak, vinden we ook bij Neanderthalers.10 Daarnaast zijn er duidelijke aanwijzingen dat Neanderthalers, net als moderne mensen, 46 chromosomen hadden.11 Hetzelfde aantal chromosomen, mens-typerende genen en dezelfde ziekmakende allellen? Niets menselijks was de Neanderthaler vreemd, blijkbaar. Waarom dan toch de Nobelprijs? Ik vermoed dat het de evolutionaire tijdgeest weerspiegelt.

Dr. Peter Borger spreekt 22 oktober 2022 op het congres ‘Bijbel & Wetenschap’. Komt u ook luisteren? Hier is meer informatie te vinden en hier kunt u uzelf aanmelden.

Voetnoten